В феврале 1943 года положение на советско-германском фронте в очередной раз обострилось, и было принято решение о переброске дивизии СС «Дас Рейх» на Восток. Однако к этому времени у Кепплера вновь наступил рецидив болезни и резко усилились головные боли. Если в условиях спокойной жизни во Франции на это можно было не обращать особого внимания, то в преддверии активных боевых операций подобное состояние здоровья командира вызывало большие сомнения. В результате командование «Дас Рейхом» принял командир ее танкового полка, срочно произведенный в оберфюреры СС Герберт Эрнст Фаль. Кепплер же опять был отправлен в госпиталь, где пробыл следующие полгода. Учитывая последующие положительные изменения в состоянии его здоровья, можно сделать вывод, что в этот раз операция по удалению опухоли была проведена, и проведена успешно. Тем не менее после операции врачи сделали вывод, что использование Кепплера на фронте не желательно. Однако рейхсфюрер СС все же посчитал возможным использовать Кепплера — несмотря на резкое увеличение численности войск СС и даже перевод в их состав ряда офицеров вермахта кадровый голод не был преодолен до самого конца войны. В результате после выписки из госпиталя Кепплер был 31 августа 1943 года назначен командующим войсками СС в протекторате Богемия и Моравия. Эта должность была сопряжена прежде всего с инспекторскими обязанностями, то есть на Кепплера был возложен контроль за боевой подготовкой, снабжением и комплектованием находившихся на его территории подразделений войск СС. Будучи старшим эсэсовским чином в протекторате, Кепплер с 15 января по 20 марта 1944 года замещал высшего руководителя СС и полиции Карта Германа Франка, но глубоко в дела протектората он не входил, и это его назначение было лишь формальным. 20 апреля 1944 года Георг Кепплер получил свое последнее звание в системе СС — обергруппенфюрера СС и генерала войск СС.

Несмотря на свою болезнь, Кепплер продолжал считаться одним из лучших и талантливых генералов войск СС и когда освободился пост командира самого престижного корпуса СС — I танкового, — он был назначен его командиром.[9 августа 1944 года командир корпуса Зепп Дитрих был поставлен во главе 5-й танковой армии, а уже 16 августа Кепплер был назначен на его место. С 9 по 16 августа обязанности командира исполнял начальник штаба корпуса кавалер Рыцарского креста бригадефюрер СС и генерал-майор войск Фритц Крэмер.] К этому времени корпус был полностью обескровлен — то есть практически уничтожен в Фалезском котле, — и его остатки были отведены в Эйфель на переформирование. Было решено, что именно организаторский талант Георга Кепплера поможет в кратчайшие сроки воссоздать уже несуществующий корпус. И в данном случае рейхсфюрер СС не ошибся.

Находившийся под командованием Кепплера корпус так и не принял участие в боевых операциях. 30 октября Кепплер передал командование I танковым корпусом СС группенфюреру СС и генерал-лейтенанту войск СС Герману Приссу и отбыл на советско-германский фронт. Георгу Кепплеру предстояло принять от Феликса Штейнера III (германский) танковый корпус СС. В это время корпус вел тяжелые бои в Курляндском котле, отчаянно пытаясь выполнить приказ фюрера «ни шагу назад». Впрочем, подобное назначение оказалось в очередной раз временным, Кепплер не получил той самостоятельности, какую имел обычно командир корпуса. Дело было в том, что Штейнер, которому было приказано принять под свое командование группировку войск в Курляндии, фактически сохранил за собой командование «родным» корпусом.

Поэтому, когда 1 ноября 1944 года обергруппенфюрер СС Кепплер был назначен командующим войсками СС в Венгрии, он официально сохранил за собой еще и пост командира III танкового корпуса СС, хотя фактически эти обязанности он уже не исполнял. В Венгрии находилось значительное количество войск СС, и произошедшее в декабре 1944 — январе 1945 года сражение за Будапешт позже некоторые историки стали называть «Сталинградом войск СС» — в окружении в столице Венгрии оказались запертыми три дивизии СС: 8-я кавалерийская дивизия СС «Флориан Гейер», 22-я добровольческая кавалерийская дивизия СС «Мария Терезия» и 18-я добровольческая моторизованная дивизия СС «Хорст Вессель». Однако и в этот раз Кепплер командных полномочий не получил, а его функции были ограничены лишь инспекторскими и административными обязанностями, а также подготовкой пополнений, что в условиях стремительно приближавшегося фронта было делом практически невыполнимым. Оборона Будапешта, несмотря на то что Гитлер бросил на прорыв блокады элитные дивизии СС срочно переброшенные с Запада, закончилась катастрофой. 12 февраля 1945 года окруженная в столице Венгрии группировка капитулировала и три дивизии СС практически перестали существовать. Но еще десятью днями раньше стало ясно, что занимаемый Кеплером пост — сплошная фикция. У него просто не осталось никаких обязанностей. В связи с чем 2 февраля 1945 года должность командующего войсками СС в Венгрии была ликвидирована, а Кепплер через два дня получил новое назначение — командиром XVIII армейского корпуса СС, который находился в Эльзасе в составе 19-й армии генерала пехоты Ганса фон Обстфельдера[25 марта 1945 года его сменил генерал танковых войск Эрих Бранденбергер.] группы армий «Г».

Этот корпус был довольно слабым соединением, которое объединяло потрепанные части, боевая ценность которых была достаточно сомнительной. Кроме того, в подчинении Кепплера не оказалось на этот раз ни одной эсэсовской части. На начало февраля 1945 года в состав корпуса входили 159-я пехотная дивизия (генерал-майор Генрих Бюрки), 805-я (генерал-майор резерва Рудольф фон Оппен) и 405-я (генерал-лейтенант Вилли Зеегер, с 22 февраля — генерал-лейтенант Карл Фауленбах) дивизии,[405-я и 805-я дивизии были резервными и вспомогательными и именовались в вермахте «дивизия №» (Division №). По сравнению с даже обычными пехотными дивизиями у них было значительно меньше артиллерии, практически полностью отсутствовала техника. Фактически они могли использоваться исключительно в обороне.] а также 1005-я пехотная бригада.[Сформированная 7 января 1945 года 1005-я бригада состояла из 6-го и 7-го гренадерских полков «Верхний Рейн».] Основные должности в штабе корпуса СС занимали офицеры вермахта: подполковник Курт Гербер стал начальником штаба корпуса, командующим артиллерии — полковник Леофрид фон Хертлейн, 1-м офицером Генштаба — майор Руди Альтштадт. Правда, многие штабные посты все же занимали эсэсовцы: так, 3-м офицером Генштаба (начальником разведки) был штурмбаннфюрер СС Фритц Клейн, а корпусным адъютантом — штурмбаннфюрер СС Губерт Зиберт.

Во время наступления франко-американских войск в Эльзасе корпус понес огромные потери и после этого фактически существовал только на бумаге. 159-я дивизия потеряла настолько много, что командование отказалось от идеи пополнить ее или же превратить в боевую группу и просто отдало приказ о ее расформировании. Хотя в Ставке до конца войны соединение Кепплера и именовали «корпусом», в его состав на 1 апреля 1945 года входили лишь 805-я дивизия, 1005-я бригады, а также сведенная из остатков разбитых дивизий бригада «Баур».[Бригада «Баур» была сформирована в феврале 1945 года и состояла из 10-го и 15-го гренадерских полков «Верхний Рейн». 8 апреля 1945 года вместе с 1005-й бригадой была объединена в 89-ю пехотную дивизию.] Эти части в большинстве своем представляли скорее боевые группы, чем полноценные дивизии и бригады. Правда, в середине апреля 1945 года 805-я дивизия была переименована в 352-ю народно-гренадерскую дивизию, но это абсолютно не сказалось на ее ценности как боевой единицы.

Под давлением наступающих войск союзников Кепплер отвел остатки корпуса в Шварцвальд (Бавария), где его и встретило известие о безоговорочной капитуляции Германии.