В начале 1943 перед советскими партизанами в Волынской и Ровенской областях Украины не ставилась прямая задача по уничтожению УПА/ОУН(б) — согласно письму Хрущёва в апреле 1943 основных заданием партизан была борьба с немцами. По мере того как украинские националисты (на это время кроме УПА(ОУН)Б в этих областях действовали: УПА Бульбы Боровца, которых партизаны называли «бульбовцами», и отряды ОУН (М) — Фронт Украинской Революции ФУР) стали более активно нападать на советские партизанские отряды, партизаны отвечали им тем же. В конце июля 1943 Федоров указывал «В бой с националистами не ввязываться, а когда будут мешать Вам выполнять задание — дать по зубам… Тех кто будут попадать в плен с оружием — рядовых разоружать и отправлять домой, командиров — расстреливать». По мере приближения фронта активность УПА в отношении советских партизан нарастала, они отвечали ей тем же. На 1944 год УШПР при рейдах по территории Западной Украины ставил задачу: «ведя активную борьбу против немецких оккупантов, по мере возможности вести борьбу и против националистических банд ОУН и УПА». Так на Волыни, в зоне формирования 27 пехотной партизанской дивизии Армии крайовой, советские партизаны вели совместные действия по ликвидации УПА в январе-марте 1944 г. По мере того как Красная Армия освобождала территорию Польши, присоединённую в 1939 году к УССР, активность ОУН-УПА на её тыловых коммуникациях возрастала. Просьба командующего 13-й армии генерала М.Пухова о привлечении партизан к ликвидации угроз тылу осталась без ответа. В то же время в зоне планируемого весеннего наступления против националистических формирований действовали подразделения НКВД и СМЕРШ с привлечением регулярных частей — их усилиями была фактически ликвидирована УПА-Юг.
14 февраля 1944 выходит обращение Правительства УССР «К участникам так называемых УПА и УНРА», которым в случае добровольной явки с повинной обещалась амнистия для не совершивших тяжких преступлений. А в середине марта в Ровно был создан оперативный штаб для борьбы с украинскими националистами, к этому времени в эти области были направлены 2 бригады ВВ НКВД и оперативные группы из работников НКВД и НКГБ. Из бывших партизан создано 19 опергрупп общей численностью 1581 человек. 28 марта Хрущеву сообщали что в ходе 65 операций было уничтожено 1129 участников ОУН и УПА, до 7 апреля это число возросло до 2,6 тысяч убитых и 3256 взятых в плен. Собственные потери составили 112 убитых и 90 раненых. За период с 21 по 27 апреля 1944 произошло 26 боев и боестолкновений между НКВД в ходе которых было уничтожено 2018 и захвачено в плен 1570 членов ОУН и УПА, собственные потери — 11 убитых и 46 раненых. В то же время по собственным донесениям УПА — только в одном бою (т. н. Бой под Гурбами) было уничтожено 2000 «большевиков» при собственных потерях в 200 — впрочем указывая на то, что сами обороняющиеся в панике отступили. Успехи СМЕРШа были более скромны — за апрель и 10 дней мая в ходе 545 операций было убито — только 530 участников ОУН и УПА — что не удивительно — в прифронтовой полосе ОУН и УПА соблюдало директиву ГШ УПА о глубокой конспирации. Кроме того весьма эффективными оказались меры по лишению ОУН и УПА людских ресурсов — мобилизация мужского населения, и прежде всего до 30 лет, в действующую армию. До 25 апреля 1944 было мобилизовано 170 тысяч, а до 23 сентября 525 тысяч (из них 72 тысячи поляков) проживавших в Западных областях. Попытки УПА и ОУН-СБ предотвратить мобилизацию нападая на колонны призванных и уничтожая семьи и даже целые хутора тех кто был призван в Красную Армию в ряде районов имели заметные результаты. На некоторое время эта стратегия была изменена на 180 градусов — весной 1944 ОУН-Б планировала посредством несопротивления мобилизации избавится «от нереволюционного балласта по лесам и селам» и также она планировала внедрить своих пропагандистов, которые должны были вести «соответствующую работу среди украинцев со средних и восточных земель, которых много в Красной армии». Данным планам не удалось осуществится, а части «пропагандистов» удалось дезертировать к немцам. С конца лета ОУН-Б вернулось к прежней тактике препятствования мобилизации. За период с 18 августа по 9 сентября 1944 войска охраны тыла 4-го Украинского фронта на территории Дрогобычской, Станиславской и Черновецкой областей уничтожили 1500 и захватили в плен 1900 членов различных националистических и бандитских формирований.
В конце августа к «ликвидации немецко-украинских националистических банд» на официальной основе подключаются бывшие советские партизаны. 20 августа 1944 партизанская дивизия имени дважды Героя Советского Союза генерал-майора Ковпака расформировывалась и передавалась для комплектования НКВД в Западных Областях. За сентябрь 1944 ковпаковцам (насчитывавшим на 9 октября 1944 1635 человек) удалось уничтожить 981 «бандита» и взять в плен 262 «бандпособника». С 1 октября по 5 ноября уничтожили 128 взяли в плен 423 «бандита» и захватили 231 «бандпособника». Партизанские методы, допустимые на оккупированных территориях, были не столь эффективны и в ряде случаев являлись прямым нарушением советских законов, в связи с этим от их использования вскоре отказались.
С момента выхода советских войск на границы СССР на них проходило восстановление пограничной службы. Пограничники с середины августа 1944 также участвовали в уничтожении националистического подполья и банд-формирований и были наиболее эффективным родом войск в этой борьбе.
9 октября 1944 по НКВД и НКГБ СССР издается приказ «Про мероприятия борьбы с ОУНовским подпольем и ликвидации вооружённых банд ОУН в западных областях СССР». В соответствии с ним западные области УССР разделялись на 2 зоны ответственности — Львовской, Станиславской, Дрогобычской и Черновецкой областью занимались наркомы НКВД УССР Рясный и НКГБ УССР Савченко и начальник пограничных войск Украинского округа Бурмака; Ровенская, Волынская и Тернопольская области были в ведении заместителей наркомов Строкача и Есипенка и начальника ВВ НКВД Украинского округа Марченкова. На 9 октября 1944 в Волынской области дислоцировалась 9 стрелковая дивизия, 1 ОСБ (отдельные стрелковые батальоны) и 1 сабельный эскадрон 18 КавПолка — общей численностью 5285 человек; в Ровенской области дислоцировались 4 стрелковых бригад общей численностью 8754 человек. В Львовской области 2 стрелковые бригады 18 КавПолк без 1 эскадрона и 2 ОСБ — всего 6525 человек. В Тарнапольской области 1 стрелковая бригада, 3 ОСБ и 3 стрелковые роты — всего 3057 человек. В Станиславской 2 ОСБ и штабные части 1 бригады — всего 1328 человек. В Черновицкой — 3 ОСБ 2-х стрелковых бригад — всего 1355 человек. Общая численность ВВ НКВД в Западных областях УССР составляла 26304 человека — что было явно недостаточно для ликвидации ОУН и УПА. Для усиления в западные области УССР приказом от 9 октября 1944 направлялись 1 ОСБ (517 чел.) 1 полк конвойных войск (1500 чел) и 1 полк по охране промпредприятий (1200 чел.) и 3 бронепоезда с десантом по 100 человек. Во Львовскую область перебрасывался 42 пограничный полк из Туркмении и 27 пограничный отряд из Молдавии. С конца лета 1944 начинают активно формироваться истребительные батальоны и отряды содействия из местного населения. До ноября было сформировано 203 истребительных батальона (27 796 бойцов) и 2997 групп содействия (27 385 членов). К концу 1944 в западных областях насчитывалось 212 истребительных батальона (23 906 бойцов) и 2 336 групп содействия (24 025 членов).
В тот же период формируются и начинают действовать спецгруппы НКВД — НКГБ из добровольно сдавшихся властям или взятых в плен членов ОУН,УПА,СБ и Украинской Национальной Самообороны. В Ровенской и Волынской областях в эти отряды также включались бывшие красные партизаны из местного населения. По своему внешнему виду и вооружению, знанию местных бытовых особенностей языка и конспиративным способам действий личный состав специальных групп ничем не отличался от «бандитов» УПА, что вводило в заблуждение аппарат живой связи и «главарей» подполья ОУН, давало возможность участникам спецгрупп вступать с ними в непосредственный контакт. При умелой организации и управлении эти группы действовали чрезвычайно эффективно. В то же время при отсутствии должного контроля и качественной подготовки состава групп были случаи перехода на сторону ОУН или же превращение таких групп в криминальные банды.
Всего по данным НКВД УССР за период с февраля по 31 декабря 1944 года было проведено 6495 операций, в которых было уничтожено 57405 «бандитов», 50387 захвачено и задержано и 15990 явилось с повинной (данные потерь по всему националистическому подполью западной Украины). Из УССР было выслано 4744 семей (13320 человек) «бандитов и бандпособников». В результате операций было захвачено вооружения: 1 самолет (У-2), 1 бронемашина и 1 бронетранспортер, 35 орудий, 323 миномета, 321 станковый и 2588 ручных пулеметов, 211 ПТР, 18,6 тыс. винтовок, 4,2 тыс. автоматов и другое вооружение и снаряжение среди которого были 135 раций и 18 типографий.
Потери советской стороны за тот же период -убитыми и повешенными — при проведении операций и в результате «бандпроявлений» составили: сотрудники НКВД-НКГБ — 221 (37 пропали без вести или уведены «бандитами»), офицеры ВВ НКВД и Красной Армии — 157 (31), солдаты и сержанты 1880 (402), совпартактива 904 (127), местные жители — 1953 (248) и бойцов истребительных батальонов — 40 (230). Всего было зафиксировано 2903 «бандпроявлений» со стороны ОУН-УПА.
Бесперспективность прямых боев и высокие потери в рядах ОУН-УПА ещё в середине ноября 1944 привели к появлению инструкции об отказе от прямых столкновений переходе ОУН-УПА к «диверсионно-террористическим акциям против советского режима». Это хоть и усложнило ликвидацию националистического подполья, но не изменило ситуацию в целом. Уже в начале февраля 1945 руководство ОУН-УПА ликвидирует высшие командные посты в подразделениях УПА (куренной и сотник) и рекомендует перейти к действиям взводами и отделениями. Отказ от активных действий, утрата многих баз и известных командиров, сокращение социальной базы и успешные действия советских войск порождали в среде ОУН-УПА настроения отчаяния, неверия и желание продолжать небезопасную и довольно часто голодную подпольную жизнь.
В результате этого только за 1 полугодие 1945 явилось с повинной 25868 участников ОУН-УПА. Количество военно-чекистских операций также возросло до 9.238 в результате которых было убито 34210 и захвачено 46059 участников ОУН-УПА среди которых было 1008 руководящего состава — от командира сотни и выше по УПА и от районного работника и выше по ОУН. Среди них были уничтожены — командир УПА Дмитро Клячкивский, начальник штаба УПА «Карпович», захвачены в плен — члены Центрального Провода ОУН — «Орест» и « Гарматюк» и многие другие. Среди вооружения захваченного у ОУН-УПА было 6 орудий, 125 минометов, 74 ПТР, 125 минометов, 2292 пулемета,4968 автоматов и 17030 винтовок и прочее вооружение. Основные потери ОУН-УПА понесло до мая 1945 года. Очень эффективно действовали ряд спецгрупп из бывших членов ОУН-УПА - на 26.07.1945 августа силами спецгрупп было ликвидировано 1958 членов УПА и СБ и 72 члена ОУН; захвачено живыми — 1142 УПА и СБ и 93 члена ОУН. Кроме того ими было передано властям 211 «бандпособника» и 639 человек уклоняющихся от службы в Красной Армии. По систоянию на 20.04.45 в Ровенской и Черновицких областях действовало 74 группы численностью 1004 человек; на 20.06.45 во Львовской, Дрогобчской и Волынской области действовало 69 групп со 668 бойцами; в Станиславской на 20.05.45 было 11 групп с 79 бойцами; в Тернопольской на 15.05.45 действовало 2 группы с 34 бойцами. К весне 1945 о существовании подобных групп стало известно руководству ОУН-УПА — в связи с этим к июлю создание новых групп было прекращено, а существующие группы были сведены в большие отряды и действовали очень осторожно. В то же время ОУН-УПА начало подозревать настоящие отряды ОУН-УПА в том, что они спецгруппы.
Кроме того было арестовано 5717 «бандпособника» и выселено за пределы УССР 5395 семей «бандитов») — 12773 человек. Потери советской стороны при операциях против ОУН-УПА убитыми — 692 человека (бойцов истребительных батальонов, совпартактива, офицеров, сержантов и солдат войск НКВД и сотрудников НКВД-НКГБ); в результате действий ОУН-УПА было убито 4013 и уведено 1209 человек — преимущественно местных жителей. Всего за 1 половину 1945 было зарегистрировано 2207 (629 во Львовской области) «бандпроявления» из которых 11 были нападения на райцентры.
В результате существенного сокращения численного состава УПА к лету 1945 в ней были ликвидированы многие службы (жандармерия, мобслужба и ряд других) функции которых были частично переданы «гражданскому» подполью и СБ, уцелевшие отряды были из «военных округов» переименованы и группы и фактически подчинены региональному подполью ОУН. За второе полугодие советской стороной (по данным НКВД УССР) было уничтожено 11698 и захвачено 14339 участников ОУН и УПА ещё 8227 явилось с повинной. Из УССР было выслано 1998 семей (4724 человека).
Зимой 1945-46 годов проводилась крупная операция по ликвидации остатков отрядов УПА и подполья ОУН в которой были задействованы силы Прикарпатского и Львовского ВО. Их подразделения были размещены гарнизонам в селах не допуская беспрепятственного перемещения подразделений ОУН-УПА и их снабжения местными жителями в то время как оперативные группы НКВД-НКГБ совместно с ВВ НКВД преследовали и уничтожали вынужденные перемещаться группы ОУН и УПА. Эта тактика дала заметные результаты. Так в сообщении ОУН по Карпатскому краю указывалось что после ударов зимой -«весной УПА перестала существовать как боевая единица». Не лучшее было положение и в других регионах.
Уже в июле 1946 выходит обращение Головной Команды УПА в котором указывается на завершение «широкой повстанческой борьбы» и переход к «подпольно-конспиративной деятельности». Ликвидация весной НКВД и формирование новых структур МВД и МГБ негативно отразились на эффективности действий против подполья ОУН, только в августе 1944 был отмечен переход ОУН-УПА к индивидуальному террору и действий мелкими группами. Негативной отмечалась и атмосфера «самоуспокоенности воцарившаяся после ликвидации основных сил ОУН-УПА». Как показали дальнейшие события ошибкой стала передача основных задач по ликвидации ОУН-УПА ещё не готовому к этому МГБ УССР.
В 1946 было зарегистрировано 1619 акций со стороны ОУН-УПА, из которых 78 — нападения на сотрудников МВД и МГБ. Было депортировано 2612 семей «бандитов и бандпособников» — 6350 человек. 1947 стал последним годом для ОУН и УПА на территории Польши — переселение украинского населения и высокая активность польских органов правопорядка вынудило остатки УПА и подполья ОУН пробираться на Запад наиболее безопасным путём — через Чехословакию. Из полутора-двух тысяч членов «Закерзонской» УПА, проходивших маршрут в несколько этапов отрядами состоящими из нескольких сотен бойцов до цели всего смогли добраться более немногим более ста человек. На территории западных областей УССР общая численность оставшихся на свободе членов УПА была значительно ниже численности подполья ОУН. 30 мая 1947 Шухевич издает распоряжение об объединении УПА и вооружённого подполья ОУН. Тем же числом датирован и указ УГВР об установлении официального дня празднования «основания» УПА — 14 октября 1942 года. Официально УГВР «временно» прекращает деятельность структур УПА 3 сентября 1949 года.
Пытаясь ликвидировать повстанческое движение и подорвать его социальную базу, партийные и государственные органы УССР предлагали рядовым участникам ОУН-УПА (в том числе тем, кто просто скрывался в лесах от мобилизации) и их добровольным помощникам амнистию в случае сдачи. С февраля 1944 по июль 1945 года этими предложениями воспользовалась 41 тыс. повстанцев, из которых 17 тыс. подверглось судебному преследованию, что впоследствии снизило эффективность этой меры. После детального рассмотрения партийными и советскими органами дел повстанцев, принявших амнистию, многих из них переселяли на восток, в промышленные районы Украины. Всего за 1944-49 годы для участников ОУН-УПА было провозглашено 6 амнистий.
Последним повстанцем называл себя Илья Оберишин, который провёл сорок лет на нелегальном положении и покинул лес только в 1991 году, после обретения Украиной независимости.
