В 1944—1945 годах советские войска занимают Прибалтику. На территории Литвы, Латвии и Эстонии иногда — стихийно, иногда — организованно возникают вооружённые формирования, оказывающие сопротивление Красной Армии и властям. Наиболее сильным вооружённым формированием стала Армия освобождения Литвы (LLA), основанная в декабре 1941 года.
Период 1944—1947 гг. характерен тем, что действия «лесных братьев» носили в основном характер открытой вооружённой борьбы. Так, Армия освобождения Литвы действовала, фактически, как обычная регулярная армия. Имелись штаб и единое командование. Проводились крупные операции в составе батальонов и полков. Было даже создано офицерское училище, преподавателями которого были офицеры.
Главнокомандуйщий Литовского партизанского движения Йонас Жемайтис (Витаутас)
Некоторые страны Запада негативно отнеслись к аннексии Советским Союзом прибалтийских стран в 1940 г., а США вообще не признали этот акт. Лидеры сопротивления ожидали, что под давлением Запада Советский Союз выведет свои войска из Прибалтики и вернёт независимость Литве, Латвии и Эстонии. В таком свете, лидерам сопротивления было выгодно вести открытую вооружённую борьбу, которая бы продемонстрировала всему миру стремление балтийских народов к независимости.
Соответственно, главной своей целью «лесные братья» ставили разрушение инфраструктуры советской власти. В частности — недопущение организации колхозов. Уничтожались партийные и советские работники, активисты и просто сторонники советской власти из числа мирных жителей. Совершались теракты на транспорте и производстве. Были нападения на небольшие гарнизоны советских войск.
Начальник штаба Литовского партизанского движения Адольфас Раманаускас (Ванагас)
Но первые успехи в открытой вооружённой борьбе сыграли против самих «лесных братьев»: при проведении масштабных операций они несли всё более и более тяжёлые потери. Ведение открытых боевых действий против противника, превосходящего их по численности и вооружению, было бесперспективным. Тем не менее, руководство Армии освобождения Литвы упорно придерживалось такой тактики в течение нескольких лет.
Наконец, в 1947 году НКВД и Советская Армия провели ряд успешных операций против «лесных братьев». В частности, было обнаружено расположение штаба и офицерского училища Армии освобождения Литвы. Армия, как единая организация, была фактически уничтожена. После 1947 года ни одно из антисоветских вооружённых формирований в Прибалтике не пыталось действовать в открытую и создавать многочисленные отряды. Напротив, «лесные братья» перешли к чисто партизанской тактике.
Борьба с «лесными братьями» на данном этапе велась органами и войсками НКВД, к проведению масштабных силовых операций привлекалась армия. При обнаружении отряда «лесных братьев» войска старались оцепить данный район и окружить противника. Также на данном этапе налаживалась агентурная работа, велась пропаганда среди местного населения. Выявлялись участники антисоветского сопротивления, готовые сотрудничать с властями.
