Период 1947—1952 годов характерен тем, что «лесные братья» действовали в основном в составе мелких отрядов. Так, типичный отряд «лесных братьев» состоял из 5—10 человек. От нападения на войсковые части и охраняемые объекты пришлось отказаться. Зато увеличилась активность по уничтожению лиц, помогающих советской власти. Фактически террор был направлен на всех тех, кто её представлял. А в этот «расстрельный список» входили: милиционеры, партийные и хозяйственные работники, врачи, учителя, колхозники и их семьи.

Умелая тактика маскировки под «обычных крестьян», разветвлённая сеть «схронов», действия мелкими группами сделали борьбу с «лесными братьями» чрезвычайно сложной. Конечно, в случае прямого столкновения у отряда «лесных братьев» шансов не было. Но зато обнаружить отряд было очень затруднительно. После очередного нападения небольшая группа диверсантов в гражданской одежде рассеивалась до прибытия подразделений МГБ. И даже в случае неудачи гибель десятка бойцов мало сказывалась на общей обстановке в регионе.

Важно отметить, что снижение поддержки местного населения шло рука об руку с ростом «разъяснительной работы» среди мирного населения со стороны МГБ. По сути МГБ кнутом и пряником создало разветвлённую сеть платных и сочувствующих советской власти осведомителей. В голодной и разорённой войной и террором лесных братьев деревне многие начинали добровольно сотрудничать с МГБ. Такая тактика внедрения в питательную среду «сопротивления», не могла не дать результатов. Примерно к 1952 году, после нескольких крупномасштабных операций (смотри операция «Весна»), организованное движение «лесных братьев» было разгромлено. В лесах остались только маленькие группы. Борьба с ними велась до 1957 года.

В этот период борьба с «лесными братьями» велась местными органами внутренних дел и МГБ — МВД, без дополнительных войск и со всё возрастающей поддержкой местного населения. В этот период советские правоохранительные органы перешли к новой стратегии. «Лесных братьев» старались изолировать от населённых пунктов и коммуникаций, велась разъяснительная работа с местным населением.

С восстановлением разрушенной войной хозяйственной инфраструктуры села постепенно акты террора, которые устраивали «лесные братья», начали терять поддержку среди местного населения. Это было вызвано необоснованной жестокостью, которую проявляли боевики к тем, кто пошёл на сотрудничество с новой властью, а также перерождению большинства военизированных формирований из «борцов за свободу» в откровенно криминальные банды. Испытывая дефицит во всех видах снабжения, «лесные братья» не задумываясь грабили магазины, колхозные склады, почтовые отделения. Казнили боевики не только милиционеров, коммунистов, комсомольцев, председателей колхозов, врачей и учителей, но и их семьи. Достоверно известно о смерти более 1000 детей, вызванной как банальными расстрелами, так и поджогами домов вместе с их обитателями. Шли годы, уровень жизни средней крестьянской семьи неуклонно рос, советская власть строила школы, дороги, детские сады, магазины и больницы. Симпатии населения всё чаще были на стороне «созидающих будущее», да и другой власти попросту не было. Также стало очевидно, что страны Запада не собираются портить отношения с СССР из-за Восточной Европы. После советизации Польши и Германии Прибалтика оказалась в глубоком тылу. Борьба с советской властью в условиях отсутствия ощутимой поддержки местного населения фактически стала невозможна.

В 1952 г. командир повстанцев Южного округа Литвы А. Раманаускас издал приказ о прекращении «партизанской войны». Амнистия 1955 г. стала последней точкой в вооружённом сопротивлении.

После 1957 года упоминания о «лесных братьях» как об антисоветском движении в советской документации были запрещены.

До 1947 года Армия освобождения Литвы была фактически регулярной — со штабом и единым командованием. Проиграв в ожесточённой войне, и не дождавшись помощи от Запада, «лесные братья» перешли к партизанским методам. Органы советской госбезопасности уничтожили тысячи участников антисоветского поднолья. Согласно донесению от 5 января 1945 года на имя Берии, на территории Литвы было арестовано около 12,5 тыс человек, убито более 2,5 тыс.

В 1944-1946 гг. органы советской госбезопасности ликвидировали основные силы Армии освобождения Литвы, два состава главных штабов, десятки окружных и уездных командований и отдельных формирований. Для этого временами проводилсь крупномасштабные войсковые операции с привлечением танков и авиации. Но «лесные братья» боролись ещё почти 10 лет. Фактически конец положила амнистия 1955 года.

«Лесные братья» в Литве уничтожили более 25 тыс человек. В основном это были литовцы, которых убили за сотрудничество с советской властью (настоящих или мнимых коллаборационистов вместе с семьями, близкими, порой с малолетнимим детьми).

По словам Миндаугаса Поцюса, «Если коммунисты партизан демонизировали, то сегодня они, можно сказать, ангелизируются».

Общее количество лесных братьев в Эстонии в послевоенное время достигало 30 тыс. человек (цифра приблизительна).

Движение пошло на спад в 1953 году, однако последний лесной брат Аугуст Саббе погиб в стычке с сотрудником КГБ и инспектором милиции только 27 сентября 1978 года.

Арнольд Мери, будучи 1-м секретарём ЦК ЛКСМ ЭССР, вспоминал:

Они не вели борьбы с так называемыми оккупационными войсками. Были случаи, когда забрасывали очередную группу из-за границы, они натыкались на пограничников, и происходил бой между пограничниками и лесными братьями. Вот это единственный случай, когда они воевали против Советских Вооружённых Сил. Они воевали против советского актива. В период с 1945 по 1949 год, когда я был первым секретарём ЦК комсомола Эстонии, я встречал свыше пятнадцати случаев, когда эти лесные братья убивали пионеров при сборе ягод в лесах только за то, что у них были красные галстуки. Так какие же это освободители? Это ж придумать только!!! Пользуются тем, что информация тенденциозная, так и спекулируют…

— "Я Помню" (воспоминания ветеранов ВОВ) - А. К. Мери