Троцкий взял курс на строительство армии на традиционных принципах: единоначалие, восстановление смертной казни, мобилизации, восстановление знаков различия, единой формы одежды и даже военных парадов. Первый парад РККА состоялся 1 мая 1918 года в Москве, на Ходынском поле. По мнению исследователя Ричарда Пайпса, этот парад был ещё не очень удачен; однако на параде Всевобуча, прошедшем 25 мая 1919 года на Красной площади, уже были продемонстрированы «чудеса выучки».
Ленин на параде войск Всевобуча на Красной площади 25 мая 1919 года
6 сентября 1918 года одновременно с объявлением страны военным лагерем вместо Высшего военного совета был образован Революционный военный совет Республики — высший коллегиальный орган военной власти в стране, который осуществлял руководство действующей армией через главнокомандующего ВС Республики. РВСР возглавил Троцкий. Его непосредственным подчинённым стал бывший царский полковник, латыш Иоаким Вацетис, получивший должность первого советского главнокомандующего. Главкому подчинялся орган оперативного руководства вооружёнными силами — штаб (с 8 ноября 1918 года — Полевой штаб) РВС Республики. 5 сентября 1918 года были образованы Восточный, Южный и Северный фронты с их штабами.
Иоаким Иоакимович Вацетис
Для мобилизации всех ресурсов страны на военные нужды 30 ноября 1918 года был образован Совет Рабочей и Крестьянской Обороны, объединивший работу всех ведомств в продовольственной, транспортной и военно-промышленной сфере (с апреля 1920 года — Совет Труда и Обороны).
Летом и осенью 1918 года соединения и части действующей армии стали сводиться в армейские и фронтовые объединения. Через год в РККА имелось уже семь фронтов, каждый из которых насчитывал по 2-5 армий. В течение 1919 и 1920 гг. численность Красной армии непрерывно возрастала. К концу 1919 года она насчитывала 3 млн чел., достигнув цифры 5,5 млн чел. к осени 1920 года.
В декабре 1918 года Совнарком РСФСР принял постановление «О Главнокомандующем всеми вооружёнными силами Республики», которым Главнокомандующему была предоставлена «полная самостоятельность во всех вопросах стратегически-оперативного характера, а также право назначения, перемещения и отставления от занимаемых должностей командного состава войск и военных управлений и учреждений Республики, входящих в состав действующей армии». Тогда же схожие права были предоставлены командующим армиями фронта, а позднее — и начальникам дивизий.
Важным шагом стала борьба с «военным анархизмом» первых месяцев существования РККА. В армии была введена обязательность исполнения приказов командиров, были восстановлены расстрелы за дезертирство. К концу 1918 года власть войсковых комитетов в армии была сведена на нет. То же относилось и к партийным ячейкам в частях. Постановлением от 25 октября 1918 года ЦК РКП(б) запретил им вмешиваться в служебную деятельность командиров.
Нарком Троцкий проводит смотр войск. Хутор Мышецкий близ Свияжска, 1919 год
Нарком Троцкий лично наглядно продемонстрировал методы восстановления военной дисциплины, 10 августа 1918 года лично прибыв в Свияжск для участия в боях за Казань. Когда 2-й Петроградский полк самовольно бежал с поля боя, Троцкий применил в отношении дезертиров древнеримский ритуал децимации (казнь каждого десятого по жребию). 31 августа Троцкий расстрелял 20 человек из числа самовольно отступивших частей 5-й армии, причём вместе с дезертирами были расстреляны также и выявленные симулянты. Летом 1918 года в Красной армии в целях борьбы с самовольными отступлениями были впервые применены заградотряды. Как пишет Ричард Пайпс,
Драконовские меры [в Красной Армии] превосходили по жестокости всё, что было когда-либо известно в царской армии времен крепостничества. Ничего подобного не практиковалось и у белых в армии: солдат, дезертировавших из Красной Армии и оказавшихся у белых в плену, поражало там отсутствие дисциплины.
В конце декабря 1918 года для непосредственного осуществления мер по борьбе с дезертирством Советом Рабочей и Крестьянской Обороны была учреждена Центральная временная комиссия в составе представителей Всероссийского главного штаба, Всероссийского бюро военных комиссаров и Народного комиссариата внутренних дел. В принятых Советом постановлениях «О дезертирстве», «О мерах борьбы с дезертирством» и «О мерах к искоренению дезертирства» оно приравнивалось к предательству и квалифицировалось как одно из самых тяжких и позорных преступлений.
Другой особенностью РККА стала её политизация сверху донизу. Важное место в армии с самого момента её основания занимала непрерывная политическая агитация, для ведения которой была организована мощная машина ПУР. Кроме того, при строительстве армии коммунисты активно применяли классовый подход; своей основной социальной базой они традиционно считали, в первую очередь, заводских рабочих. И наоборот, офицерство старой армии считалось «контрреволюционной» силой, для контроля над которой в армии была учреждена система комиссаров.
Так как большинство населения России того времени составляли крестьяне, переход к массовым мобилизациям летом 1918 года означал, что РККА по своему составу также станет преимущественно крестьянской. Неуверенность в лояльности крестьян большевизму вызвала определённые колебания коммунистов при переходе к призыву.
| 
