Существуют три основных источника, описывающих битву при Кизике — «Греческая история» Ксенофонта, «Историческая библиотека» Диодора Сицилийского и «Жизнеописание Алкивиада» Плутарха. Большинство историков отдают предпочтение Ксенофонту. Это предпочтение основывается на вере в общую надёжность Ксенофонта, а не на сравнении текстов трёх авторов. Однако Хатцфельд выбрал версию Диодора и отметил, что она содержит много любопытных и уникальных деталей, и в целом, более подробный рассказ о сражении, в отличие от Ксенофонта, чей рассказ кажется ему отрывочным и незаконченным.

Ксенофонт был продолжателем Фукидида, который довёл свою «Историю Пелопоннесской войны» до 411 года до н. э. (при этом между окончанием изложения Фукидида и началом изложения Ксенофонта имеется небольшой пробел, охвативший описанный Диодором шторм у горы Афон). Первые две книги «Греческой истории» описывают последний период Пелопоннесской войны (с 411 по 404 год до н. э.). Эти события Ксенофонт в подражание Фукидиду излагает в основном кратко, сухо, в хронологическом порядке. Ксенофонта зачастую обвиняют в пристрастии к Спарте (лаконофильстве) и умалчивании некоторых фактов. Однако, хотя у него и есть умолчания, он сознательно не извращает факты и его сообщения более или менее достоверны. К тому же, Ксенофонт отнюдь не всегда показывает своё лаконофильство, он подробно пишет и о поражениях Спарты, и иногда критикует спартанскую политику и действия спартанских полководцев. Ксенофонт писал ясным и правильным языком, его стиль всегда считался хорошим, и в древности за простое и ровное изложение его называли «аттической пчелой». Он был современником и очевидцем событий, и его труд имеет важное значение.

Целью Диодора Сицилийского, историка I века до н. э., было написание всемирной истории. Однако его грандиозным замыслам не соответствовали его способности. Его труд в сущности является огромной компиляцией сведений из исторических сочинений, помещённых в хронологические рамки. Диодор придавал хронологии большое значение: он распределяет события по Олимпиадам, архонтствам в Афинах и консульствам в Риме, что очень важно, так как это — точные хронологические даты, но в его хронологии много путаницы. Главным источником для Диодора при описании греческой истории до 361 года до н. э. был Эфор, который часто критикуется современными историками. Описание Диодора выглядит гораздо более полным, чем описание Ксенофонта, который описывает битву кратко. Источник Диодора, Эфор, вероятно, пользовался «Оксиринхской историей», автор которой считается более точным в описании битв.

Важным историческим источником являются «Сравнительные жизнеописания» Плутарха, в которых он описывает биографии известных греков и римлян, сопоставляя их друг с другом. Однако Плутарх в первую очередь не историк, а философ-моралист. Исторические факты он использует с целью морализаторства. Поэтому он может опустить какие-то важные факты или бегло коснуться их. Его источниками в описании битвы при Кизике были, вероятно, Ксенофонт и Эфор. У Плутарха присутствуют детали, имеющиеся как у Ксенофонта, так и у Диодора, источником которого был Эфор. Плутарх подчёркивает достоинства Алкивиада и его роль в победе, в то время как Ксенофонт, напротив, указывает только на погоду и на случайности как на причины успеха афинян.

Кроме того, второстепенными источниками выступают два трактата II века о военном искусстве (латинского автора Фронтина и греческого писателя Полиэна), которые содержат описания манёвра Алкивиада. Оба они следуют той же традиции, что и Диодор.

Р. Крентц суммирует различия между двумя основными традициями по следующим пунктам:

-кто взял на себя инициативу;

-где афинские подкрепления присоединились к главному флоту;

-насколько большим был пелопоннесский флот;

-высадились ли афиняне на кизикской территории;

-использовали ли они стратагему (военную хитрость);

-был ли значительный бой на море;

-принял ли участие Фарнабаз.

Последний период Пелопоннесской войны — Декелейская, или Ионийская война — стал очень тяжёлым для Афин. В полисе сложилась кризисная ситуация, которая обуславливалась несколькими факторами. Военные поражения, теперь следующие друг за другом, негативно сказывались на внутренней обстановке в государстве. В 413 г. до н. э. в Афины пришла весть о разгроме афинского войска и флота на Сицилии. Спартанцы заняли Декелею в Аттике и превратили её в свой постоянный плацдарм на территории противника. Почувствовав слабость Афин, из Афинского морского союза стали один за другим выходить его члены (Хиос, Милет, Эвбея и другие). В самих Афинах царила дезорганизация и растерянность. В Эгейском море появился и стал поддерживать отпавших афинских союзников созданный на персидские деньги спартанский флот.

Изгнанный из Афин Алкивиад, находясь при дворе персидского сатрапа Тиссаферна, начал переговоры с афинянами с целью возвращения на родину. В афинском флоте, базировавшемся на Самосе, возникло движение в пользу Алкивиада. Тот писал в послании, что готов перейти на сторону Афин и склонить персов к помощи афинянам, но ставил условием ликвидацию афинской демократии и установление олигархического режима.

Некоторые олигархически настроенные триерархи и стратеги отправили послов к Алкивиаду. Изгнанник обещал им финансовую помощь Тиссаферна. Между тем на Самосе возникло антиолигархическое движение. Началась партийная борьба между самосскими демократами и самосскими олигархами. Афиняне пришли на помощь демократам и с их помощью утвердилась демократия, а её противники были частично изгнаны, частично — убиты. После этого самосцы и афиняне отправили послов в Афины с известием о произошедшем перевороте. В Афинах уже утвердился олигархический режим и один из послов вернулся и сообщил морякам об этом. После получения этой новости среди демократически настроенных моряков началось сильное волнение. Вождями движения стали Фрасибул и Фрасилл. Они провозгласили демократию на Самосе. Войско избрало их стратегами, а тех стратегов, которых подозревали в олигархических настроениях, исключили из коллегии. По инициативе Фрасибула во флот был приглашён Алкивиад. После его прибытия стратеги предложили немедленно вести флот на Афины против олигархического режима, но Алкивиад решил не отвлекаться от основной задачи — борьбы со спартанским флотом. Его поддержал Фрасибул. Совет Четырёхсот в Афинах продержался недолго и в конце года был заменён на умеренную олигархию, а позднее была полностью восстановлена демократия.

К 410 г. до н. э. военные действия Пелопоннесской войны развернулись на Геллеспонте, где спартанцы начали оспаривать у афинян права на жизненно важные для Афин проливы. Пелопоннесский флот из 73 кораблей, которым командовал спартанский наварх Миндар, вышел из Милета и направился к Геллеспонту, где уже действовали 16 пелопоннесских кораблей, опустошавших Херсонес Фракийский. Фрасилл, получив известие об уходе эскадры Миндара на Геллеспонт, отплыл из Самоса с 55 триерами. После нескольких стычек на Лесбосе, где к Фрасиллу присоединился со своими судами Фрасибул, афинский флот также прибыл на Геллеспонт. К пелопоннесцам и афинянам прибыли новые корабли, и в итоге Миндар теперь располагал 86 триерами, а Фрасилл и Фрасибул — 76. Афиняне прибыли в Элеунт (Элей) и там готовились к бою, после чего направились на север, навстречу флоту Миндара.

Афинский флот выстроился в одну линию и пошёл по направлению к Сесту вдоль побережья. Пелопоннесцы, завидев выдвижение афинян, вышли из Абидоса. Афиняне свои 76 кораблей растянули вдоль Херсонеса, пелопоннесцы с 86 кораблями развернулись вдоль малоазийского берега (в этом месте рукописи Фукидида содержат число «шестьдесят восемь», но, исходя из предшествующих указаний, общепринято исправление на «восемьдесят шесть»). В последовавшем сражении афиняне, несмотря на то что спартанцы некоторое время имели преимущество, одержали победу. Побеждённые пелопоннесцы бежали в Абидос. Афиняне, потеряв 15 кораблей, сами захватили 21 вражеский корабль, установили трофей на мысе Киноссема и выдали противнику тела их павших.

После этого афиняне направились к восставшему Кизику и покорили его, по пути разгромив небольшую спартанскую эскадру. Между тем к спартанцам прибыло подкрепление (14 кораблей) под командованием родосца Дориея. Афиняне вышли против него и попытались вызвать его на бой. На помощь Дориею приплыл Миндар, и завязалось сражение.

Р. Крентц рассматривает некоторые детали этого рассказа Ксенофонта. Во-первых, историк подчёркивает, что перед битвой Миндар приносил жертву Афине Илионской, и комментатор видит здесь намёк на шестую песнь «Илиады» — как у Гомера жертва троянских женщин Афине Илионской не была услышана богиней, так и за жертвой Миндара последовало поражение спартанцев. Во-вторых, так как от Илиона до Абидоса более 30 км, Миндару потребовалось бы значительное время, чтобы вступить в бой, и разрешить это противоречие можно либо предположением, что события заняли два дня, либо действительно длились с рассвета до сумерек.

Бой шёл с переменным успехом, как вдруг прибыл Алкивиад с 18 кораблями. Спартанцы обратились в бегство, моряки бежали на сушу под защиту персидского сатрапа Фарнабаза.

После этой победы афиняне уплыли в Сест, оставили там сорок кораблей, а с остальными кораблями отправились для сбора денег. Алкивиад решил похвастаться успехом перед персидским сатрапом Тиссаферном и прибыл к нему на одной триере, взяв с собой подарки. Однако Тиссаферн, боясь царского гнева за нарушение соглашений со Спартой, посадил его в тюрьму в Сардах. Через месяц Алкивиаду удалось бежать в Клазомены. Затем Алкивиад вернулся в расположение афинского флота. Афиняне в Сесте узнали, что Миндар собирается напасть на них с 60 кораблями и ночью уплыли в Кардию, откуда отправили просьбу о помощи к Ферамену, Фрасибулу и Алкивиаду. Алкивиад (согласно Диодору, приплывший с Лесбоса) прибыл в Кардию, отправился с отрядом пехоты в Сест и приказал кораблям следовать туда же. Здесь, согласно Ксенофонту, к нему присоединились Ферамен с 20 кораблями и Фрасибул с 20 кораблями. Согласно Диодору, сбор произошёл в Кардии. Между тем спартанцы высадились около Кизика и осадили город. Вскоре туда прибыл Фарнабаз с войском, и Кизик был взят штурмом.

Объединённый афинский флот в 86 триер, возглавляемый Алкивиадом, Фераменом и Фрасибулом, при получении известия о потере Кизика, вышел из Парии и остановился в гавани острова Проконнес (ныне — остров Мармара) недалеко от Кизика. Алкивиад, опасавшийся измены, объявил флоту, что тот, кого схватят при попытке переплыть на материк, будет немедленно казнён. Для того, чтобы скрыть от врага численность своей эскадры, Алкивиад приказал собрать все корабли, даже самые малые, в тесную кучу. На следующий день афиняне двинулись на Кизик. Согласно Диодору, один из стратегов, Херей, был высажен на суше с солдатами.

Эренберг, автор статьи о Миндаре в «Энциклопедии Паули-Виссова», датирует прибытие Дориея и сражение при Абидосе примерно октябрем-ноябрем 411 года, зимой — перерыв в боевых действиях, а битву при Кизике — апрелем-маем 410 года (комментатор Диодора П. Грин называет «март или апрель» 410 года).