Высшие специальные курсы командного состава флота (ВСККСФ) были созданы приказом Реввоенсовета СССР № 2303 от 17.10.1923. Курсы включали артиллерийский, минный и штурманский (заведующий – Сакеллари Н. А.) классы, а также переданный из состава Военно-морской академии класс подводного плавания (заведующий – Бахтин А. Н.). ВСККСФ располагались в Петрограде (ныне г. Санкт-Петербург) во флигеле при Военно-морском училище. Начальником и комиссаром курсов являлись по совместительству начальник и комиссар ВМУ. Занятия первого набора слушателей начались 01.12.1923. Срок обучения определили в 1,5 года.

Приказом Реввоенсовета СССР № 2702 от 15.12.1923 было объявлено Положение о ВСККСФ, по которому курсы были отнесены к разряду высших учебных заведений.

В 03.1924 в целях совершенствования учебных планов и согласования вопросов преподавания отдельных дисциплин на ВСККСФ были созданы предметно-методические комиссии.

В начале 1925 года курсы получили новое наименование – Специальные курсы усовершенствования командного состава флота, но уже с 29.01.1925 стали называтьсяСпециальные курсы усовершенствования командного состава РККФ (СКУКС РККФ). В этом же месяце курсы вышли из подчинения Военно-морской академии и стали самостоятельным военно-морским учебным заведением. Срок обучения на СКУКС РККФ определили в 12 месяцев. На курсы зачислялись средние командиры, имевшие двухгодичный стаж службы (в класс подводного плавания слушатели принимались и непосредственно после ВМУ).

07.02.1925 состоялся первый выпуск обновлённых курсов, включавший 13 артиллеристов, 9 минёров, 15 штурманов и 12 подводников.

В 1926 году курсы дважды переименовывались: сначала они стали именоваться Специальные курсы усовершенствования командного состава ВМС РККА (СКУКС ВМС РККА), а с 21.11.1926 – Специальные курсы командного состава ВМС РККА (СККС ВМС РККА).

Практическое занятие по девиации магнитных компасов со слушателями СККС проводит Гедримович А. П. (в центре). Кронштадт, 1928 год.

В 1927 году было принято новое положение, согласно которому к учёбе на СККС допускались лица не старше 32 лет, окончившие ВМУ им. М. В. Фрунзе и прослужившие на кораблях не менее двух лет.

В 1926-1928 гг. курсы дали флоту ещё 235 командиров корабельного состава, в том числе 41 подводника, 62 штурмана и 56 минёров.

В 1931 году курсам было присвоено имя ЦИК Татарской АССР, с этого момента они стали именоваться «Специальные курсы командного состава ВМС РККА имени ЦИК Татарской АССР».

14.11.1931 на основе Школы подводного плавания Учебного отряда Морских сил Балтийского моря был создан Учебный отряд подводного плавания ВМС РККА (УОПП ВМС РККА), в состав которого был передан класс подводного плавания СККС. Тем не менее, подготовка штурманов и минёров для подводных лодок оставалась на СККС в специально выделенных группах слушателей подводного профиля. Так в 02.1932 в связи со строительством большого подводного флота из 29 слушателей штурманского класса были выделены 20 офицеров для обучения по подводному профилю, а в 07.1932 был произведен второй (летний) набор в класс штурманов-подводников на ускоренный курс обучения.

В 07.1932 отдельные классы СККС были переформированы в секторы (факультеты).

В конце 1932 года при СККС были организованы параллельно основным курсантские секторы из краснофлотцев. Для обучения в курсантских секторах направлялись моряки, пользовавшиеся правами двухгодичного срока службы и прошедшие на флоте годичный курс ускоренной командирской подготовки. Срок обучения был установлен в 12 месяцев, из них 2 месяца – практического плавания.

В 1932-1934 гг. на курсах создаются кафедры при специальных секторах, одновременно набор увеличивается более чем в два раза. Ежегодно учебные планы включали следующие циклы: специальных дисциплин (до 60 % учебного времени), организационно-тактических дисциплин (до 30 %), социально-экономических дисциплин (до 8 %) и физподготовки (до 2 %). Во второй половине 30-х годов на СККС действовали отделы (до 1932 года – классы, в 1932-1936 гг. – сектора): штурманский, морской артиллерийский, минно-торпедный, связи, береговой артиллерийский, химический, шифровально-штабной и другие, большинство из которых имело подразделения с более узкой специализацией. В числе прочих специализаций в течение 1932-1936 гг. существовали так называемые подводные группы для штурманов и минёров.

В 1938 году СККС разместили в специально построенном здании на Малоохтинском проспекте, дом 80/2, где они и находятся по настоящее время.

В 1939 году СККС ВМС РККА имени ЦИК Татарской АССР сменили название на Специальные курсы командного состава РКВМФ (СККС РКВМФ). В том же году в связи с общей реорганизацией системы военно-морской подготовки было произведено переформирование курсов, на которые была возложена подготовка офицеров-специалистов по эксплуатации оружия и технических средств. Ввиду этого, приказом Наркома ВМФ в 08.1939 курсы переименовываются в Высшие специальные курсы командного состава РКВМФ (ВСК).

В 1928-1940 гг. курсы окончили более 2500 командиров.

С началом Великой Отечественной войны на ВСК была начата подготовка к переходу на программы военного времени с сокращенным сроком обучения.

В конце 07.1941 Наркомом ВМФ было принято решение о передислокации курсов в Астрахань. В 08.1941 начался демонтаж учебно-лабораторного оборудования и подготовка к его погрузке. Эвакуация была произведена двумя эшелонами в 08-09.1941.

С 01.1942 в отделах ВСК начались занятия первого военного набора по программам военного времени с сокращенным 6-месячным сроком обучения. В 06.1942 состоялись выпускные экзамены. Учебная практика не проводилась, о чём было отмечено в свидетельствах об окончании ВСК.

В начале 08.1942 начались занятия со слушателями 2-го набора. В связи с быстрым приближением фронта к Волге по распоряжению заместителя наркома ВМФ курсы были вынуждены приступить во второй половине 08.1942 к эвакуации в Самарканд.

В Самарканде курсы вместе с Военно-морской академией РКВМФ имени К. Е. Ворошилова были размещены в здании университета. На 2-3 этажах располагались учебные помещения ВМА, на четвёртом этаже – ВСК. Личным составом курсов было приложено много сил и старания для того, чтобы в необорудованных для учебных целей помещениях создать кабинеты и лаборатории, отвечающие требованиям учебного процесса, и разместить в них необходимую технику и тренажёры.

В 07.1943 приказом Наркома ВМФ сроки обучения на ВСК были увеличены до 12 месяцев.

09.09.1943 ВСК были переименованы в Специальные курсы офицерского состава ВМФ (СКОС).

В 08.1944 в соответствии с решением Наркома ВМФ СКОС были перебазированы в Ленинград.

За время Великой Отечественной войны на курсах прошли подготовку свыше 1500 офицеров, принявших активное участие в боях.

20.04.1945 Указом Президиума Верховного Совета СССР за исключительные заслуги перед Родиной в деле подготовки квалифицированных офицерских кадров для Военно-Морского Флота и успешную научно-исследовательскую работу, направленную на повышение боевой деятельности Военно-Морского Флота, Специальные курсы офицерского состава ВМФ были награждены орденом Ленина.

В 07.1945 Специальные курсы офицерского состава были переименованы в Высшие ордена Ленина Специальные Классы офицерского состава ВМФ (ВОЛСОК), вместо отделов были организованы факультеты.

В 1946 году завершился переход на обучение по программам мирного времени для дальнейшей подготовки высококвалифицированных специалистов Военно-Морского Флота.

В настоящее время на классах, являющихся в своем роде единственным высшим учебным заведением переподготовки и повышения квалификации, ведётся подготовка по 40 профилям. Готовятся специалисты тактического звена абсолютно всех специальностей современного Военно-Морского Флота.

Всего за период с 1918 года в стенах этого учебного заведения подготовлено и выпущено на флот более 19000 командиров кораблей и 20000 флагманских специалистов. Среди выпускников 69 человек получили звание Героя Советского Союза и Героя Российской Федерации.