Основная статья: Военные преступления в Южной Осетии (2008)

Россия и Южная Осетия с одной стороны, и Грузия с другой стороны, обвиняют друг друга в преступлениях и этнических чистках. О военных преступлениях в ходе конфликта также заявляют журналисты, правозащитники и другие лица.

Следственный комитет прокуратуры Российской Федерации выразил намерение предъявить грузинской стороне обвинения по статьям «планирование, подготовка, развязывание или ведение агрессивной войны», «применение запрещённых средств и видов вооружений», «наёмничество», «нападение на лиц или учреждения, которые пользуются международной защитой», «геноцид», «убийство двух и более лиц, совершённые общеопасным способом, по мотивам расовой и национальной вражды».

11-12 августа 2008 года грузинское правительство подало иски против России в Международный суд ООН и Европейский суд по правам человека. Оба иска приняты к рассмотрению. Иск против России по 49 делам пострадавших 340 мирных граждан подан в Европейский суд по правам человека «Ассоциацией молодых юристов Грузии» в связи с нарушением таких прав как «право на жизнь, право на собственность, запрет пыток и нечеловечного обращения».

В ноябре 2008 года правозащитная организация «Amnesty International» опубликовала доклад, согласно которому:

При штурме Цхинвала грузинская армия совершала неизбирательные нападения, в результате которых погибли десятки мирных жителей Южной Осетии и множество получили ранения, а также значительно пострадала инфраструктура (общественные здания, больницы, школы);

Основные разрушения Цхинвала были вызваны применёнными грузинской армией системами залпового огня «Град», ракеты которых обладают низкой точностью.

Российская авиация в период конфликта совершила более 75 авиационных налётов, целями большинства из которых являлись позиции грузинской армии. От авиаударов пострадали сёла и города, ущерб от них «ограничивается несколькими улицами и отдельными домами в некоторых деревнях».

Имеются свидетельства, что некоторые российские атаки на грузинские населённые пункты и дороги привели к ранению и гибели гражданских лиц, причём «возможно, не делалось различий между правомерными военными целями и мирным населением». Как пишется в докладе, «если это действительно так, то такие нападения квалифицируются как нападения неизбирательного характера и представляют собой нарушение международного гуманитарного права».

Как пишется в докладе, «по свидетельствам очевидцев, дисциплинированное поведение российских военнослужащих резко отличалось от действий осетинских бойцов и отрядов ополченцев, которые были замечены в мародёрстве и грабежах». Грузины, опрошенные «Amnesty International», отмечали, что российские военнослужащие, «в основном, вели себя с грузинскими мирными жителями порядочно и проявляли должную дисциплину».

Югоосетинскими подразделениями и военизированными формированиями были совершены серьёзные преступления в отношении грузин в Южной Осетии и прилегающих в ней территориях. Очевидцы сообщали о незаконных убийствах, избиениях, угрозах, поджогах и грабежах, проводившихся вооружёнными группировками с югоосетинской стороны.

По мнению докладчика от комитета ПАСЕ по юридическим вопросам и правам человека Христоса Пургуридиса, «факты, насколько можно видеть, не подтверждают обвинения в геноциде в адрес Грузии: число осетинских (гражданских) жертв грузинского наступления („тысячи" — согласно первоначальным заявлениям российских властей на основании „предварительных данных") представляется сильно преувеличенным». По словам Пургуридиса, «отдельные факты жестокостей [грузинских силовиков], публиковавшиеся в российских СМИ и приводившиеся в документах <…>, могут быть квалифицированы как самостоятельные тяжкие преступления, но не попытка геноцида».

23 января 2009 года года международная правозащитная организация Human Rights Watch (HRW) обнародовала доклад «Up in Flames», готовившийся несколько месяцев (было проинтервьюировано более 460 очевидцев военных действия), в котором делался вывод, что российские, грузинские и южноосетинские вооружённые силы совершили многочисленные нарушения гуманитарного права, повлёкшие гибель мирных жителей; авторы доклада призывали Москву и Тбилиси расследовать преступления и наказать виновных. В 147-страничном докладе грузинская сторона была обвинена в неизбирательном применении оружия при обстреле Цхинвала, соседних с ним сёл и в ходе последовавшего наступления, а также в избиении задержанных и грабежах. Югоосетинская сторона обвинялась в пытках, убийствах, изнасилованиях, грабежах и этнических чистках. Российская сторона обвинялась в грабежах. В докладе сделан вывод, что «собранная Хьюман Райтс Вотч информация свидетельствует о том, что при безусловном нарушении грузинскими войсками норм международного гуманитарного права нет оснований квалифицировать действия грузинской стороны как геноцид». При этом было сказано, что HRW не имеет доступа к материалам следствия, которое ведётся российскими правоохранительными органами по обвинению Грузии в геноциде, и соответственно, не может оценивать собранные доказательства и обоснованность выводов, попытки же получить дополнительную информацию от российских властей путём запросов оказались безрезультатными. Также было сказано, что ряд заявлений о преступлениях, совершённых грузинскими силовиками, не подтвердились при проверках, которые предпринимали сотрудники HRW.

1 апреля 2011 года Международный суд ООН постановил, что не обладает компетенцией для рассмотрения иска Грузии против России. Основной причиной нерассмотрения иска явилось то, что Грузия подала иск, не предприняв предварительных попыток решить вопрос с помощью переговоров с российскими властями. Такие действия Грузии нарушили положение Международной конвенции о ликвидации всех форм расовой дискриминации.

Эксперт по международному праву Беркбек-Колледж Лондонского университета Билл Боуринг считает, что у России были основания вводить дополнительные войска на территорию Южной Осетии. Глава кафедры Гамбургского университета Отто Лухтерхандт считает правомерным ввод российских войск в Южную Осетию и близлежащие территории, но не в западную Грузию.

Согласно ст. 102 Конституции России к ведению Совета Федерации относится «решение вопроса о возможности использования Вооружённых Сил Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации». Однако такого решения Совет Федерации в отношении направления войск на территорию Грузии до начала операции российских войск не принимал. Председатель Совета Федерации Сергей Миронов 11 августа заявил, что верхняя палата парламента не будет собираться на экстренное заседание, чтобы дать согласие на ввод российских войск в Грузию. «В Южной Осетии действует не воинский контингент. Мы увеличиваем миротворческий контингент, а это не требует одобрения Совета Федерации».

18 августа 2008 года журнал «Власть» высказал мнение, что в соответствии с Конституцией РФ согласие Совета Федерации на ввод российских войск в Грузию требовалось. Журналист напомнил, что ранее, в соответствии с законом РФ «О порядке предоставления РФ военного и гражданского персонала для участия в деятельности по поддержанию или восстановлению международного мира и безопасности», на увеличение численности миротворческих контингентов за рубежом испрашивалось согласие Совета Федерации. Издание также напоминало: «тот же закон говорит, что „решение о направлении за пределы территории РФ отдельных военнослужащих для участия в миротворческой деятельности" президент принимает сам. Если признать многотысячные войска, введённые в Южную Осетию и Абхазию, „отдельными военнослужащими", то в этом случае действительно Совету Федерации можно было и не собираться».

25 августа 2008 Сергей Миронов заявил, что Совету Федерации предстоит рассмотреть вопрос об использовании «дополнительного контингента миротворческих сил в лице Вооружённых сил России в регионе грузино-югоосетинского и грузино- абхазского конфликтов с 8 августа», сообщив, что этот вопрос поставлен перед Советом Федерации президентом РФ в соответствии с законом и регламентом палаты. В этот же день на закрытом заседании Совет Федерации принял постановления «Об использовании дополнительных миротворческих сил Вооружённых Сил Российской Федерации для поддержания мира и безопасности в зоне грузино-осетинского конфликта» и «Об использовании дополнительных миротворческих сил Вооружённых Сил Российской Федерации для поддержания мира и безопасности в зоне грузино-абхазского конфликта».

Концепция внешней политики Российской Федерации, утверждённая 12 июля 2008 года Президентом России Д. Медведевым, гласит (параграф III, 2): «Россия исходит из того, что только Совет Безопасности ООН правомочен санкционировать применение силы в целях принуждения к миру».