По официальным данным НАТО, в ходе кампании альянс потерял двух военнослужащих погибшими (экипаж американского вертолёта AH-64, разбившегося в ходе тренировочного вылета в Албании)[4]. Согласно официальной информации ВВС США, Югославской системой ПВО сбиты два американских самолёта (F-16 и F-117), оба пилота подобраны поисково-спасательными службами.

Согласно официальным югославским данным, озвученным в связи с празднованием Дня югославской армии 16 июня 1999 года начальником генерального штаба югославской армии Драголюбом Ойданичем, в ходе войны потери НАТО составили 61 самолет и 7 вертолётов. В декабре 2000 года российская газета «НВО» со ссылкой на неопределенные югославские источники сообщила, что потери НАТО составили 31 самолёт и 6 вертолётов. Частный российский исследователь и автор ряда публикаций В. Ильин в статье, опубликованной в журнале «Авиамастер» в начале 2001 года, привёл как старые данные 1999 года (61 самолёт и 7 вертолётов), так и «проверенные и уточнённые данные» югославского министерства обороны за 2000 год (31 самолёт и 6 вертолётов).

Согласно заявлению Слободана Милошевича, в ходе конфликта погибли 462 югославских военнослужащих и 114 полицейских; по оценке НАТО, погибли более 5000 югославских военных. По данным югославских и российских исследователей, ВВС Югославии потеряли в воздухе 6 самолётов, ещё около 70 самолётов были уничтожены на земле. ВВС Югославии потеряли в ходе боевых действий две трети (11 из 16 машин) своих наиболее современных истребителей МиГ-29.

Самые ощутимые последствия вызвали удары НАТО по промышленному комплексу в Панчево: азотному заводу, нефтеочистительному заводу и нефтехимическому комплексу. Отравляющие химикаты и соединения попали в атмосферу, воду и почву, что создало угрозу для здоровья людей и экологических систем на всей территории Балкан. В резервуарах нефтехимического комбината в момент бомбардировок находились значительные количества винилхлоридных мономеров, хлора, дихлоридэтилена, 40-процентной натриевой щёлочи и 33-процентной соляной кислоты.

В результате действий НАТО произошло отравление воздуха ядовитыми испарениями от горящих нефтекомбинатов, нефтью из взорванных бомбами резервуаров были отравлены Дунай и остальные реки, загрязнены Скадарское озеро и другие озёра и Адриатическое море.

Бомбовые удары НАТО по химическим производствам стали прецедентом в истории[56]. В связи с этим министр здравоохранения Республики Сербии Лепосава Миличевич заявляла: «Наши химические заводы не бомбил даже Адольф Гитлер! НАТО же спокойно делает это, уничтожая реки, отравляя воздух, убивая людей, страну. Над нашим народом проводится зверский эксперимент с использованием новейшего оружия».

Общий ущерб, нанесённый Югославии, оценивается в 1 млрд долларов.

Бомбардировки НАТО были нацелены в том числе и на уничтожение важных объектов гражданской инфраструктуры. Они повредили множество хозяйственных объектов. Ко 2 июня пострадало более 50 мостов, два нефтеперерабатывающих комбината, 57 % всех нефтехранилищ, 14 крупных промышленных объектов, 9 крупных хабов электроэнергетики.