По мере ввода кораблей в строй расширялся круг задач по управлению флотом и личным составом. Их решал Приказ воинского морского флота, созданный в декабре 1698 года (см. рисунок) под руководством боярина Ф.А. Головина, который вскоре получил чин адмирала.

В 1700 году функции строительства флота от Володимерского судного приказа перешли к вновь созданному Адмиралтейскому приказу во главе с ближайшим сподвижником и родственником Петра I стольником Ф.М. Апраксиным. Он был пожалован званием адмиралтейца и стал первым «генерал-казначеем» флота. На него были возложены обязанности главного распорядителя всеми делами по устройству и снабжению 

адмиралтейств и судов.

В 1701 году «государева казна» была крайне «малоденежна», поскольку доход России составил около 3 млн рублей, а расход же — 2,5 млн рублей, из которых 78 % падали на военные надобности.

Петр I нашел следующий выход из создавшегося положения: флот и все полки были расписаны по губерниям, и их было «повелено» содержать за счет местных средств. Но для «облегчения участи губернаторской» царь 2 марта 1705 года своим указом предписал помещикам: «Даточным солдатам, корм и одежду и обувь давать тем же людям, с кого они будут взяты: кафтан сермяжный на год; шуба на два года; а на шапку, на рукавицы, на чирики, на рубахи денег на год по рублю; да хлеба в год муки ржаной три четверти без полуосьмины, круп овсяных полуосьмины, всего три четверти».

Для увеличения средств на содержание флота 7 мая 1701 года в Москве в Кадашевской слободе был создан военно-морской монетный двор, получивший название Кадашевский и просуществовавший до 1736 года.

Монетный двор «чеканил золотые, серебряные и медные монеты различных достоинств. Медные монеты чеканились на специальном отделении монетного двора, открытом в 1704 г. Он был отдан под ведение воинскаго морскаго приказа.

Главнейшею доходною статьею монетного двора была перечеканка иностранных серебряных ефимков в русскую монету, сравнительно меньшей емкости против номинальной ея цены. Впоследствии, при недостаточном количестве иностранной серебряной монеты, для приобретения ея, приказано было в нескольких уездах с каждаго двора, взамен корабельнаго сбора, представлять известное количество пеньки (по 20 и по 30 фунтов), которая, кроме употребления в адмиралтействах, шла в продажу за границу, а вырученные за нее ефимки перечеканивались в русския деньги.

Этот монетный двор (делавший также и медныя деньги) находился в морском ведомстве до исхода 1711 года. Чтобы судить о степени поддержки, доставшейся флоту таким учреждением, заметим, что в последние, менее доходные, годы монетный двор доставлял морскому ведомству чистой прибыли слишком 120000 рублей в год».

В ходе Северной войны, начиная с 1703 года, развернулось строительство кораблей для действий на Балтийском море. В этом году русские войска утвердились на берегах Невы, где был основан Санкт-Петербург.

Здесь сосредотачиваются и органы управления флотом. На следующий год началось строительство форта Кроншлот.

К сооружению форта приступили зимой 1703-1704 годов. По льду на санях подвозили бревна, камни, грунт. Из бревен делали ряжи, засыпали их камнями и грунтом и опускали в полынью под лед. Так сладили прочный фундамент, на котором возвели двухъярусную деревянную башню. В бойницах установили пушки. Одновременно на мысе острова против форта установили береговые батареи.

7 мая 1704 года состоялось торжественное освящение морской

цитадели, нареченной Кроншлотом. В инструкции коменданту

форта, датированной 3 мая, в частности говорилось:

В  честь возведения первой морской цитадели у Южного фарватера подле острова Котлин на Кадашевском Монетном дворе

в Москве по штемпелю В. Г. Мюллера была изготовлена памятная

настольная медаль «На сооружение крепости Кроншлот. 1704 год».

Начало создания Балтийского флота было положено закладкой первых кораблей на судостроительной верфи на реке Сясь, впадающей в Ладожское озеро, и на Олонецкой верфи (Лодейное поле на реке Свирь) в 1702-1703 годах. И уже 7 мая (18 мая по новому стилю) 1703 года флотилия из 30 лодок с двумя ротами солдат Преображенского и Семеновского полков под командованием Петра I одержала в абордажном бою первую победу над шведскими кораблями «Гедан» и «Астрильд» в устье реки Невы.

Это была величайшая моральная победа русских войск и флота над сильнейшим противником. Все участники боя были награждены медалями с надписью «Небываемое бывает»: офицеры — золотыми, солдаты — серебряными. 7 (18) мая 1703 года считается днем рождения Балтийского флота.

В 1707 году руководство строительством флота было возложено на Адмиралтейскую канцелярию во главе с адмиралтейским советником А. В. Кикиным).