Родился в семье костромских дворян. Трухины с 1870-х гг. владели поместьем Паникарпово в Костромском уезде, примерно в 40 верстах от Костромы по пути к Галичу (ныне Судиславский район Костромской области).
Прадед Николай Иванович Трухин – полковник, участник Бородинского сражения, кавалер ордена Святого Георгия IV класса (1834), бывший в 1840-е годы пермским городничим.
Отец Иван Алексеевич Трухин – штабс-капитан в отставке, действительный статский советник, непременный член Костромского губернского присутствия. Сведения о том, что он был губерским предводителем дворянства, неверны. В семье отца было пятеро детей: Алексей, Сергей, Фёдор, Иван и Мария. Старший брат Алексей служил в кавалергардском полку; когда началась Первая мировая война, находился в армии генерала Самсонова и погиб в августе 1914 года в Восточной Пруссии. Иван вместе с отцом был расстрелян в 1919 году за организацию антисоветского крестьянского восстания в Костромском уезде. Сергей в 1920-е годы был членом Костромского научного общества по изучению местного края, репрессирован в 1938 году.
Военная служба
С 1916 служил в Русской армии. Участник Первой мировой войны.
В 1917 был избран командиром батальона 181-го Остроленского полка на Юго-Западном фронте.
В ноябре 1918 вступил в Красную армию.
С 1919 — командир роты на Юго-Западном фронте.
С 1920 — командир батальона, некоторое время командовал стрелковым полком. Участвовал в боевых действиях против войск Украинской народной республики, в Советско-польской войне, в боях против повстанческих формирований на Украине.
В 1921—1922 командовал ротой на Костромских пехотных командирских курсах.
В 1922—1925 учился в Военной академии РККА.
В 1925—1926 — начальник штаба и и.д. командира 133-го стрелкового полка 45-й стрелковой дивизии Уральского военного округа.
В 1926—1931 — начальник штаба 7-й стрелковой дивизии.
В 1931—1932 — начальник штаба 12-го стрелкового корпуса Приволжского военного округа.
В 1932—1934 — преподаватель Военной академии имени М. В. Фрунзе.
В 1934—1936 — начальник кафедры методики боевой подготовки в этой же академии.
С 1935 — полковник.
В 1936—1937 учился в Военной академии Генерального штаба.
В 1937—1939 — старший руководитель курса Военной академии Генерального штаба.
В 1939—1940 — старший преподаватель кафедры оперативного искусства в этой же академии.
С июня 1940 — генерал-майор.
В августе 1940 — январе 1941 — заместитель начальника 2-го отдела Управления боевой подготовки РККА.
В январе — июне 1941 — начальник оперативного отдела — заместитель начальника штаба Прибалтийского военного округа.
В июне 1941 — заместитель начальника штаба Северо-Западного фронта.
27 июня 1941 добровольно сдался в плен со штабными документами в Литве[источник не указан 289 дней].
Никогда не состоял в ВКП(б). Был награждён орденом Красного Знамени (1924) и медалью «ХХ лет РККА» (1938).
отлично подготовленный командир с большим общим развитием и большим знанием в области тактики и оперативного искусства. Отменно знает штабную службу, прекрасный преподаватель и методист. Тактичен и выдержан, дисциплинирован, пользуется авторитетом у слушателей и преподавателей. Политически выдержан и развит хорошо. Может быть использован на работе в больших штабах.