Несмотря на заложенный фундамент государственности, Хорезм и Шибирган, которые относились к Чагатайскому улусу, не признавали новой власти в лице Суюргатмиш-хана и Эмира Тимура. Неспокойно было на южных и северных рубежах границы, где беспокойство доставляли Моголистан и Белая Орда, часто нарушая границы и разграбливая селения. После захвата Урус-ханом Сыгняка и переноса в него столицы Белой Орды, Ясcы (Туркестан), Сайрам и Мавераннахр оказались в ещё большей опасности. Необходимо было предпринимать меры по укреплению государственности.

В этот же год признали власть Эмира Тимура такие города как Балх и Ташкент, однако Хорезмские правители продолжали сопротивляться Чагатайскому улусу, опираясь на поддержку правителей Дашти кипчака. Эмир Тимур требовал вернуть захваченные земли Чагатайского улуса у Хорезма сначала мирным путём, посылая в Гурганж сначала тавачи (Квартирмейстера), потом шайхулислама (глава мусульманской общины), но Хусайн-суфи оба раза отказался выполнять это требование, взяв в плен посла. С тех пор Эмир Тимур совершил пять походов на Хорезм. Окончательно Хорезм был завоёван после взятия Тимуром его столицы г. Ургенча в 1388 году. По приказу Тимура город был разрушен до основания, а оказавшие сопротивление хорезмийцы беспощадно истреблены.

Теперь нужно было покорить Могулистан для объединения и обеспечение безопасности границ владений Тимура такие же цели были и у правителя Могилистана эмира Камариддина. Моголистанские феодалы часто совершали грабительские набеги на Сайрам, Ташкент, Фергану и Туркестан. Особенно большие беды принесли народу набеги Эмира Камариддина в 70-71-х годах и набеги зимой 1376 года на города Ташкент и Андижан.

В том же году Эмиром Камариддином было захвачено пол-Ферганы, откуда в горы бежал её наместник Умар Шах-мирза. Поэтому решение проблемы Моголистана было важным для спокойствия на рубежах страны. С 1371 по 1390 годы Эмир Тимур совершил семь походов на Моголистан, окончательно разбив армию Камариддина и Анка-тюра в 1390 году в ходе последнего похода. Однако Тимур дошёл лишь до Иртыша на севере, Алакула на востоке, Эмила и ставки монгольских ханов Балиг-Юлдуза, но завоевать земли восточнее гор Тангри-тага и Кашгара он не смог. Камариддин бежал и, впоследствии захватил власть в Золотой Орде и стал проводить враждебную политику по отношению к землям Мавераннахра. Эмир Тимур совершил три похода против хана Тохтамыша, окончательно разбив его 28 февраля 1395 года.

В 1380 году Тимур отправился в поход против Малика Гиясиддина Пир Али II так тот не пожелал признать себя вассалом эмира Тимура и стал в ответ укреплять оборонительные стены своей столицы города Герата строя вокруг него второй ярус стен . В начале он направил к нему посла с приглашением на курултай, дабы решить проблему мирным путём, но Малик отверг предложение, задержав посла. В ответ на это в апреле месяце 1380 года Тимур, под предводительством эмирзаде Пирмухаммада Джахангир, направил десять полков на левый берег реки Амударьи. Он захватил области Балх , Шибирган и Бадхыз. В феврале 1381 года выступил с войсками сам Эмир Тимур и взял города Хорасан, Серахс, Джами, Каусия, Туе и Келат, а Герат был взят после пятидневной осады. Также помимо Келата был взят Себзевар, в результате чего прекратило существование государство сербедаров. В 1382 года правителем Хорасана был назначен сын Тимура, Мираншах. В 1383 году Тимур опустошил Сеистан и жестоко подавил восстание сербедаров в Себзеваре. В 1383 году он взял Сеистан, в котором были повержены крепости Зирех, Заве, Фарах и Буст. В 1384 году захватил города Астрабад, Амуль, Сари, Султания и Тебриз, фактически захватив всю Персию. После чего он отправился в поход в Армению, после чего он ещё несколько раз совершал завоевательные походы в Персию и Сирию. Эти походы известны в мировой истории как трёхлетний, пятилетний и семилетний походы, в ходе которых он вёл войны в Сирии, Индии, Армении, Грузии, Турции и Персии.

1387 г., ноябрь — Взятие Исфагана. Карательная операция в Исфагане. Тимур оккупирует Шираз. Тохтамыш вторгается в Трансоксиану. Правитель Хорезма переходит на сторону Тохтамыша.

Продвигаясь на запад, Тимур столкнулся с государством Кара Коюнлу, победа войск Тимура вынудила предводителя туркмен Кара Юсуфа бежать на запад к Османскому правителю — Баязиду. После чего Кара Юсуф и Баязид договорились о совместном действии против Тимура. Чтобы окончательно расправиться с султаном Кара Коюнлу, Тимур настоятельно требовал от Баязида выдать Кара Юсуфа, но отказ Баязида дал формальный повод для начала войны против Османов. В мае 1402 года Тимур начал поход в Малую Азию. Его войска заняли турецкие крепости Кемак и Сивас. После завоевания Сиваса османские войска под командованием Сулеймана, старшего сына Баязида, вторглись в земли находившегося под протекторатом Тамерлана тюркского правителя Кара Юсуфа, который попал в плен. Также при дворе Тамерлана, объявившего себя наследником Чингисхана и сюзереном всех тюркских правителей Анатолии, нашли приют правители покорённых османами малых бейликов. Тамерлан был возмущён высокомерием и безрассудством султана. Его послы прибыли ко двору Баязида с требованием покориться тюркскому завоевателю. Султан, преисполненный гордости и иллюзий, явно недооценивавший своего соперника, ответил оскорблением и призвал Тамерлана встретиться на поле боя. Здесь к Тимуру прибыли для переговоров послы турецкого султана Баязида Молниеносного. В присутствии послов Тимур произвел смотр своим войскам, численность которых достигала 140 тысяч человек. Основную часть армии Тимура составляла конница. Вид огромной армии произвел гнетущее впечатление на послов, а через них и на турецкие войска. Баязид сумел выставить против Тимура вдвое меньшую армию. Опасаясь открытого сражения, султан расположил свои войска в горно-лесистой местности севернее города Ангоры. Тимур осадил Ангору и хитроумными маневрами выманил Баязида на равнину. В 1402 году Тимур одержал важнейшую победу над Османским султаном Баязидом I Молниеносным, нанеся ему поражение в Битве при Анкаре 28 июля. Сам султан был взят в плен. В результате сражения захвачена вся Малая Азия, а поражение Баязида привело к распаду Османской империи, сопровождавшейся крестьяской войной и междоусобицами его сыновей. Официальным поводом к войне послужило якобы подношение турецкими послами даров Тимуру. Возмущенный тем, что в роли благодетеля выступает Баязид, Тимур объявил военные действия успешными, а Османская Империя времено пала в хаос.