Скобелев явился на балканский театр военных действий очень молодым и полуопальным генералом, но показал выдающиеся образцы военного искусства и заботу о подчинённых, а также проявил себя хорошим военным администратором. Скобелев после войны стал очень знаменит. 6 января 1878 года он был пожалован золотой шпагой с бриллиантами, с надписью «за переход через Балканы», но отношение к нему начальства оставалось неблагоприятным. В письме одному родственнику 7 августа 1878 года он писал: «Чем более проходит времени, тем более растёт во мне сознание моей невиновности перед Государем, а потому чувство глубокой скорби не может меня покинуть …только обязанности верноподданного и солдата могли заставить меня временно примериться с невыносимой тяжестью моего положения с марта 1877 года. Я имел несчастье потерять доверие, мне это было высказано и это отнимает у меня всякую силу с пользой для дела продолжать службу. Не откажи поэтому… своим советом и содействием для отчисления меня от должности, с зачислением… по запасным войскам». Но постепенно горизонт перед ним проясняется и обвинения с него были сняты. 30 августа 1878 годаСкобелев был назначен генерал-адъютантом к императору России, что говорит о возвращении к нему доверия. После войны Скобелев занялся подготовкой и обучением вверенных ему войск в суворовском духе. 4 февраля 1879 года он был утверждён в должности командира корпуса и выполнял различные поручения в России и за границей.Скобелев уделил внимание оценке некоторых сторон военной системы Германии, которую он считал самым опасным противником Российской империи. Скобелев сильно сближается со славянофилами. В январе 1880 года Скобелев назначается командующим военной экспедиции против текинцев. В Туркмении в ахал-текинском оазисе обитали 80—90 тысяч текинцев. Это были природные, смелые воины. Все экспедиции против них до 1879 года были неудачны. По Туркмении могли двигаться только верблюжьи караваны и войска с верблюжьими обозами, полагая не менее одного верблюда на человека. Нужно было пройти с войсками по пустыне, лишённой растительности и воды. Скобелев составил план, который был утверждён и должен быть признан образцовым: целью его было нанести решительный удар текинцам ахал-теке. К цели Скобелев решил идти осторожно и сосредоточить столько запасов, сколько необходимо для проведения дела до конца; по мере накопления всего необходимого подаваться вперёд и, когда всё будет готово, решительным боем покончить с текинцами. Со своей стороны узнав о походе текинцы решили переселиться в крепость Денгиль-Тепе (Геок-Тепе) и ограничиться отчаянной защитой только этого пункта. Скобелев приехал в Чекишляр 7 мая и, прежде всего, приказал перебросить часть войск на Кавказ, чтобы уменьшить число ртов и ускорить накопление запасов. Пришлось привезти 2 млн. пудов запасов. По одной линии подвоза была построена железная дорога. Было приобретено 16 тысяч верблюдов для перевозки всего необходимого для 11 тысяч человек с 3 тысячами лошадей и 97 орудиями. 10 мая Скобелев занял Бами и начал устраивать в этом месте опорный пункт, для чего в течение 5 месяцев туда было перевезено 800 тысяч пудов разных запасов. В начале июля Скобелев, с 655 чел. при 10 орудиях и 8 ракетных станках, производил разведку, подходил к Денгиль-Тепе и обстреливал эту крепость. Этим он произвёл сильное впечатление на текинцев, а главное поднял дух вверенных ему войск. Скобелев к 20 декабря сосредотачивает 7100 человек (с нестроевыми) в укреплении Самурское (12 вёрст от Денгиль-Теле) и запасов на 8 тысяч человек до начала марта 1881 года. Не ограничившись этим, он посылает в Персию полковника Гродекова, который заготавливает 146 тысяч пудов необходимых запасов на персидской территории, всего в одном переходе от Денгиль-Тепе. Это должно было обеспечить продовольствием войска после взятия крепости. 15 декабря прибыл в Самурское, вследствие ходатайства Скобелева, из Туркестана отряд полковника Куропаткина численностью в 884 человек и с 900 верблюдами. После чего войска готовятся к штурму... В крепости Денгиль-Тепе было 45 тысяч человек, из них защитников 20—25 тысяч; они имели 5 тысяч ружей, множество пистолетов, 1 орудие и 2 зембурека (вьючных пушки). Текинцы производили вылазки, преимущественно ночью, и наносили немалый урон, захватив даже однажды знамя и два орудия. 6 января 1881 года в 400 метрах от угла крепости, устроена бреш-батарея, вооружённая 12 орудиями.Скобелев готовился к штурму на 10 января, но, вследствие обвала в минной галерее и порчи вентилятора, отложил на 12 января, обещав минёрам при успехе 3 тысячи рублей и 4 ордена на 30 человек. К полуночи 10—11-го минная галерея подошла под ров в 4 метрах ниже горизонта, а в ночь на 12-е произведена забивка минных камор. К 12 января Скобелев сосредоточил 4788 пехотинцев, 1043 кавалеристов, 1068 артиллеристов - всего 6899 человек при 58 пушках, 5 картечницах и 16 мортирах. Перед штурмом должен был произойти взрыв мины с целью обрушения части стены. Согласно диспозиции для штурма назначались три колонны:
а) полковника Куропаткина (11 с половиной рот, 1 команда, 6 орудий, 2 ракетных станка и один гелиографный станок) должна овладеть обвалом от взрыва мины, прочно на нём утвердиться и укрепиться в юго-восточном углу крепости;
б) полковника Козелкова (8 с половиной рот, 2 команды, 3 орудия, 2 ракетных станка и 1 гелиографный) должна овладеть брешью и войти в связь с первой колонной;
в) подполковника Гайдарова (4 с половиной роты, 2 команды, 1 с половиной сотни, 4 орудия, 5 ракетных станка и 1 гелиографный, производящий демонстративную атаку) должна деятельно содействовать двум первым, для чего овладеть Мельничною калою и ближайшими рентраншаментами, действовать усиленным ружейным и артиллерийским огнём по внутреннему пространству крепости.
Штурм был произведён 12 января 1881 года. В 11 часов 20 минут дня был произведён взрыв мины. Восточная стена упала и образовала удободоступный обвал. Пыль ещё не улеглась, когда колонна Куропаткина поднялась в атаку. Подполковнику Гайдарову удалось овладеть западной стеной. Войска теснили неприятеля, который однако оказывал отчаянное сопротивление. После долгого боя текинцы бросились в бегство через северные проходы, за исключением части, которая осталась в крепости и, сражаясь, погибла. Скобелев преследовал отступающего врага на протяжении 15 километров. Русские потери за всю осаду со штурмом доходили до 1104 человека, а во время штурма составили 398 человек (в том числе 34 офицера). Внутри крепости были взяты: до 5 тысяч женщин и детей, 500 персиян-рабов и добыча, оценённая в 6 млн. рублей. Вскоре после взятия Геок-Тепе были высланыСкобелевым отряды под начальством полковника Куропаткина; один из них занял Асхабад, а другой прошёл более чем на 100 километров на север, обезоруживая население, возвращая его в оазисы и распространяя воззвание с целью скорейшего умиротворения края. И вскоре в Закаспийских владениях Российской империи установилось мирное положение. Ахал-текинская экспедиция 1880—1881 гг. представляет первоклассный образец военного искусства. Центр тяжести операции находился в сфере военно-административных вопросов. Скобелев показал туркменам, на что способны русские войска. В итоге к Российской империи была бескровно присоединена остальная часть Туркмении с Мервом.
14 января Скобелев был произведён в генералы от инфатерии, а 19 января награждён орденом Св. Георгия 2-й степени. 27 апреля он выехал из Красноводска в Минск. Там он продолжил заниматься подготовкой войск. Временами Скобелев ездил в свои имения, главным образом в село Спасское Рязанской губернии. К крестьянам он относился хорошо. В это время здоровье Скобелева ухудшилось. Во время ахаль-текинской экспедиции его постиг страшный удар: его мать, Ольгу Николаевну Скобелеву, убил человек, которого он хорошо знал по Балканской войне. Когда сын доблестно сражался под стенами Геок-Тепе, она, преследуя какие-то политические цели, с крупной суммой денег отправилась в Болгарию. И там была предательски убита А. А. Узатисом, болгарином, выросшим в России и состоявшим в свое время ординарцем при М. Д. Скобелеве. Скрыться убийце не удалось. В этот же день его настигло справедливое возмездие, и он навсегда унес в могилу тайну своего преступления. Вероятнее всего, рукой Узатиса водили люди, заинтересованные в ослаблении русского влияния в Болгарии. Затем последовал другой удар: умер Александр II в результате террористического акта. Вступивший в марте 1881 г. на престол Александр III настороженно отнесся к громкой славе «белого генерала». В свою очередь, Скобелев не стремился завоевать доверие нового царя и позволял себе говорить все, что он думал о царствующем доме, о политике России и ее взаимоотношениях с западными державами. Увлеченный идеями славянизма, православия и подъема национального самосознания, он неоднократно и публично заявлял об опасности, грозящей России с запада, чем вызвал переполох в Европе. Особенно резко генерал высказывался о Германии, «тевтонах». В марте и апреле 1882 г. Скобелев имел две аудиенции у царя, и хотя содержание их бесед оставалось неизвестным, по свидетельству очевидцев, Александр III стал относиться к генералу терпимее. Скобелев писал своему другу генералу Куропаткину: «Если будут ругать, не очень верьте, стою за правду и за Армию и никого не боюсь». Мировоззрение Михаила Скобелева сформировалось за несколько лет до конца его жизни. Уже в конце войны на Балканах он говорил: «Мой символ краток: любовь к Отечеству; наука и славянство. На этих китах мы построим такую политическую силу, что нам не будут страшны ни враги, ни друзья! И нечего думать о брюхе, ради этих великих целей принесем все жертвы». Именно в последние годы жизни генерал сблизился со славянофилами и особенно И.С. Аксаковым, который немало влияние оказал на него, что было замечено современниками. «Бедный человек Иван Сергеевич, – говорил Н.Н. Обручев, бывало покойного Михаила Дмитриевича Скобелеваубеждаешь, урезониваешь. Ну, вот, кажется, человек совсем успокоился. А он поедет в Москву, к Аксакову, и возвращается оттуда бешеный». Но нельзя говорить, что Скобелев целиком поддавался интеллектуальному давлению Аксакова и других теоретиков славянофильства. Все же он был европейцем и не разделял отрицательного отношения даже Аксакова к петровским реформам, западноевропейскому парламентаризму. Он был сторонником конституционного проекта Лорис-Меликова – к нему он обратился в период тяжелых раздумий после оскорбительной аудиенции в Зимнем дворце. С Аксаковым и славянофилами его сближали общие взгляды на внешнюю политику России, которую все они считали непатриотической, зависимой от внешнего влияния. Это убеждение сложилось у Скобелевапосле Берлинского конгресса, где России-победительнице государственные мужи не воевавших европейских держав продиктовали свои условия. Скобелев был горячим сторонником освобождения и объединения славянских народов, но без жесткого диктата со стороны России. Скобелев не был счастлив в личной жизни. Он был женат на княжне Марии Николаевне Гагариной. Супруги вскоре разошлись, а затем и развелись. Скобелев особое внимание уделял возможному приближению войны с Германией и Австро-Венгрией. Он не мог не заметить, что в австрийской литературе появилось новое направление, призывающее парализовать влияние России на Балканы и подчинить их себе. Австрийские писатели доказывали необходимость захвата Царства Польского и малорусских губерний. Германские же шли ещё дальше и считали необходимым «отнять у России Финляндию, Польшу, остзейские губернии, Кавказ и русскую Армению» и «уничтожение России в смысле великой европейской державы». Скобелев в порядке службы исполнял разные поручения, наиболее важным из них была командировка в Германию на манёвры. Получив месячный отпуск 22 июня (4 июля) 1882 года, М. Д. Скобелев выехал из Минска, где стоял штаб 4-го корпуса, в Москву. Его сопровождали несколько штабных офицеров и командир одного из полков барон Розен. По обыкновению Михаил Дмитриевич остановился в гостинице «Дюссо», намереваясь 25 июня (7 июля) выехать в Спасское, чтобы пробыть там «до больших маневров». По приезде в Москву Скобелев встретился с князем Д. Д. Оболенским, по словам которого генерал был не в духе, не отвечал на вопросы, а если и отвечал, то как-то отрывисто. По всему видно, что он чем-то встревожен. 24 июня Скобелев пришел к И. С. Аксакову, принес связку каких-то документов и попросил сохранить их, сказав: «Боюсь, что у меня их украдут. С некоторых пор я стал подозрительным». …Начальник Скобелевского штаба Михаил Духонин позже вспоминал, как однажды застал своего командира в крайне тяжелом расположении духа. «Умирать пора, – говорил Скобелев. – Один человек не может сделать более того, что ему под силу... Я дошел до убеждения, что всё на свете ложь, ложь и ложь. Всё это – слава, и весь этот блеск – ложь. Разве в этом истинное счастье? Сколько убитых, раненых, страдальцев, разоренных». Белый генерал тяжело переживал за тех воинов, которые сложили головы в боях. Имея в виду своих недругов, Скобелеввосклицал: «Они думают, что нет ничего лучше, как вести за собой войска под огонь, на смерть. Нет, если бы они увидели меня в бессонные ночи. Если б могли заглянуть, что творится у меня в душе. Иной раз самому смерти хочется, – так жутко, страшно, так больно за эти осмысленные жертвы». На другой день состоялся обед, устроенный бароном Розеном в честь получения очередной награды. После обеда вечером М. Д. Скобелев отправился в гостиницу «Англия», которая находилась на углу Столешникова переулка и Петровки. Здесь жили девицы легкого поведения, втом числе и Шарлотта Альтенроз (по другим сведениям ее звали Элеонора, Ванда, Роза). Эта кокотка неизвестной национальности, приехавшая вроде бы из Австро-Венгрии и говорившая по-немецки, занимала в нижнем этаже роскошный номер и была известна всей кутящей Москве. Поздно ночью Шарлотта прибежала к дворнику и сказала, что у нее в номере скоропостижно умер офицер. В покойном сразу опозналиСкобелева... Прибывшая полиция ликвидировала панику среди жильцов, переправив тело Скобелева в гостиницу «Дюссо», в которой он остановился. Вскрытие производил прозектор Московского университета профессор Нейдинг. В протоколе было сказано: «Скончался от паралича сердца и легких, воспалением которых он страдал еще так недавно» Однако никогда раньше Скобелев не жаловался на сердце. Правда, его врач О. Ф. Гейфельдер во время Туркестанского похода находил у генерала признаки сердечной недостаточности: «Сравнительно с ростом и летами пульс у Скобелева был слабоват и мелкий, и соответственно тому деятельность сердца слаба и звуки сердца хотя и частые, но глухие. Этот результат… дал мне основание заключить о слабо развитой сосудистой системе вообще и в особенности о слабой мускулатуре сердца». И тут же, в известной степени опровергая свое заключение, Гейфельдер отмечает совершенно необыкновенную выносливость и энергию Скобелева, который мог сутками без сна совершать длительные переходы верхом, сохраняя бодрость и работоспособность. Это позволяет предполагать, что в действительности сердечная система Скобелева не могла стать причиной преждевременной смерти. Вокруг трагедии в московской гостинице, как снежный ком, нарастал клубок легенд и слухов. Высказывались самые различные, даже взаимоисключающие предположения, но все они были едины в одном: смерть М. Д. Скобелева связана с таинственными обстоятельствами. Передавая широко муссируемый в России слух о самоубийстве, одна из европейских газет писала, что «генерал совершил этот акт отчаяния, чтобы избежать угрожавшего ему бесчестия вследствие разоблачений, удостоверяющих его в деятельности нигилистов». Большинство же склонялось к версии, чтоСкобелев был убит, что «белый генерал» пал жертвой германской ненависти. Присутствие при его смерти «немки» придавало этим слухам, казалось, большую достоверность. «Замечательно, — отмечал современник, — что и в интеллигентных кругах держалось такое же мнение. Здесь оно выражалось даже более определенно: назывались лица, которые могли участвовать в этом преступлении, направленном будто бы Бисмарком… Этим же сообщением Бисмарку приписывалась пропажа плана войны с немцами, разработанногоСкобелевым и выкраденного тотчас после смерти М. Д. Скобелева из его имения». Эту версию поддерживали и некоторые представители официальных кругов. Один из вдохновителей реакции князь Н. Мещерский в 1887 году писал Победоносцеву: «Со дня на день Германия могла наброситься на Францию, раздавить ее. Но вдруг благодаря смелому шагуСкобелева сказалась впервые общность интересов Франции и России, неожиданно для всех и к ужасу Бисмарка. Ни Россия, ни Франция не были уже изолированы. Скобелев пал жертвою своих убеждений, и русские люди в этом не сомневаются. Пали еще многие, но дело было сделано».