Участие во Второй мировой войне
С началом Второй мировой войны пошёл добровольцем в армию. За участие в Польской кампании был удостоен Железного креста 2-го класса. Затем командир 14-го взвода 337-го полка во Франции за отличия в боях 28 мая 1940 был награждён Железным крестом 1-го класса, а 25 июня 1940 года стал первым кавалером Рыцарского креста Железного креста среди членов Общих СС. В 1942 году вследствие обморожения на Восточном фронте был отозван из армии и зачислен в резерв в звании лейтенанта. 20 апреля 1942 года был повышен до бригадефюрера СС и генерал-майора полиции, а с июня 1942 исполнял обязанности генерал-инспектора гражданской администрации в Протекторате Богемии и Моравии.
С июня по сентябрь 1943 начальник отдела Управления и права в Главном управлении полиции порядка. С сентября по декабрь 1943 начальник правового управления Главного управления полиции порядка. 29 декабря 1943 принял командование оберабшнита СС «Варта», а 29 января 1944 года был назначен Высшим руководителем СС и полиции «Варта».
Хайнц Райнефарт и казаки 3-го казачьего полка.
С августа по ноябрь 1944 года командовал боевой группой СС «Рейнефарт» в составе войск Бах-Зелевского, участвующих в подавлении Варшавского восстания. С декабря 1944 года командир 18-го корпуса СС. С января по март 1945 был комендантом фестунга Кюстрин. Гудериан в своих воспоминаниях охарактеризовал его так:
Комендантом крепости, укрепления которой были сооружены еще во времена Фридриха Великого, был Рейнефарт, когда-то начальник полиции Варшавы, хороший полицейский чиновник, но отнюдь не генерал.
В конце марта 1945 Райнефарту было приказано держаться в городе любой ценой и ждать деблокирующего удара. 28 марта нажим советских войск заставил Рейнефарта принять решение оставить город и перейти к позициям на западном берегу Одера. Разъяренный неподчинением Райнефарта приказу удерживать Кюстрин любой ценой, Гитлер приказал его арестовать и казнить. Однако в хаосе последних недель Третьего рейха это распоряжение выполнено не было. С марта 1945 командир 14-го корпуса СС. 1 мая 1945 года был арестован англо-американскими войсками.