Главным спецподразделением страны до недавнего времени был антитеррористический центр МНБ "Калкан". Он был создан Феликсом Куловым в его бытность министром нацбезопасности. "Калкан" должен был работать по двум направлениям: оперативное отслеживание обстановки и проведение боевых операций. После ухода Кулова "Калкан" был расформирован. Среди уволенных были "афганцы". Из тех, кто проходил антитеррористическую подготовку за рубежом, осталось 3-4 человека. После ухода Кулова "Калкан" снова получил старое название - отдел боевых операций. Кроме того, в СНБ есть и антитеррористическое подразделение "Альфа", задачи которого аналогичны "Альфам" других стран СНГ. 

В вооружённых силах Киргизии сегодня существуют два спецподразделения - "Скорпион" и "Илбирс". После начала антитеррористической операциии на эти отряды посыпалось снаряжение из стран НАТО. К примеру, Германия обеспечила "Скорпион" лазерными прицелами и приборами ночного видения, а также альпинистским снаряжением. Системы спутниковой защиты и поддержки поставили США и Швейцария. 

А шведская фирма "Эрикссон" обеспечила цифровую мобильную связь между подразделениями. Кстати, этот проект "Эрикссона" финансируют Исламский банк развития и кувейтские фонды. 

В Национальной гвардии действует спецназ "Пантера". Его на Западе тоже не забывают. В августе этого года "Пантере" были вручены более 50 американских парашютов "Сет-10". Раньше гвардейцы использовали для прыжков советскую модель Д-6. Срок эксплуатации этих парашютов уже давно истёк.

Также на правах антитеррористических спецподразделений в армии существуют горнострелковый батальон и бригада специального назначения - по крайней мере именно эти подразделения участвовали в совместном командно-штабном антитеррористическом учении стран СНГ в этом году.