Процесс по делу Милошевича не был закончен, так как Слободан Милошевич умер в тюрьме в Гааге (предположительно) от инфаркта миокарда 11 марта 2006 года.
Незадолго до этого здоровье Милошевича резко ухудшилось, и он ходатайствовал о лечении в России, заявив, что врачебные меры, предпринятые по месту заключения, результата не возымели и носили исключительно поверхностный характер. Трибунал отказал ему, мотивировав отказ тем, что ссылка на болезнь является лишь предлогом для того, чтобы скрыться от суда. Российская сторона сообщила в Гаагу, что даёт полную гарантию возвращения экс-президента на скамью подсудимых. В письме, написанном за три дня до смерти и адресованном МИД России, Слободан Милошевич писал:
Я думаю, что настойчивость, с которой мне не позволяют получить медицинскую помощь в России, в первую очередь мотивируется страхом, что в результате тщательных исследований неизбежно откроется, как в ходе суда велась злонамеренная кампания против моего здоровья — ее факт невозможно спрятать от русских специалистов.
Правительство Сербии и Черногории отказалось хоронить бывшего президента с государственными почестями. Министр иностранных дел Вук Драшкович заявил по этому поводу: «Превращение серийного убийцы в национального героя было бы позором Сербии, делая из неё страну, в которой преступление является высшей доблестью».
Были и другие отклики. Так, Председатель Главного комитета СПС Ивица Дачич заявил, что Милошевич убит в Гаагском трибунале, и тем самым завершился процесс его систематического уничтожения в трибунале. По словам Дачича, отказ трибунала отпустить Милошевича в Москву для лечения явился роковым приговором. Он добавил, что Милошевичу удалось защитить сербский народ от обвинений в геноциде и этнической чистке, что имеет жизненное значение для будущего Сербии.
Сербская радикальная партия констатировала, что Гаагский трибунал убил Милошевича, подчеркивая, что прокуратура и ложные судьи трибунала несут величайшую ответственность за его смерть. Заместитель председателя СРП Томислав Николич сказал, что должна быть прекращена ликвидация сербов в Гаагском трибунале. Николич призвал президента Сербии Тадича амнистировать членов семьи Милошевич за инкриминируемые им преступления, чтобы на нём не остались следы сомнения, что он не допустил похороны Милошевича в Сербии.
Председатель Социал-демократической партии Небойша Чович заявил, что смерть Милошевича ложится большим позором на Гаагский трибунал, основанный ООН в целях правды, примирения и демократичности. Наступил момент, когда наше государство должно потребовать пересмотра процессов в Гаагском трибунале, сказал Чович.
Функционер Демократической партии социалистов Черногории Миодраг Вукович заявил, что следует подождать официального сообщения о причинах смерти Милошевича. Если окажется, что смерть наступила в результате подорванного здоровья Милошевича, то тогда можно ставить вопрос, почему его неадекватно лечили и почему не верили России, давшей гарантии на его лечение, сказал Вукович.
Смерть Милошевича не позволила завершить важное международное судопроизводство, что вызовет последствия в политических отношениях в Сербии, да и шире, заявил пресс-представитель Социалистической народной партии Черногории Миомир Воинович.
Председатель Демократической сербской партии Черногории Ранко Кадич оценил, что смерть Милошевича не даст миру возможности услышать и другую сторону о распаде Югославии и последовавшим за этим событиям.
Похороны
10 тысяч жителей Белграда пришли на прощальную панихиду в здание Музея революции.
Новый президент Сербии Борис Тадич в специальном заявлении отказал Милошевичу в проведении похорон с государственными почестями. Поэтому прощание проходило в частном порядке.
Слободан Милошевич был похоронен 18 марта 2006 года в его родном городе Пожаревац, в 70 километрах к юго-востоку от Белграда. Могила находится во дворе семейного дома Милошевичей, «под старой липой, под которой он впервые поцеловал свою будущую жену». В церемонии похорон приняли участие 50 тысяч сербов. Также присутствовали лидер КПРФ Геннадий Зюганов и Сергей Бабурин, на тот момент вице-спикер Госдумы.
