1706 год был годом политических неудач Российского государства: 2 февраля 1706 года шведы нанесли сокрушительное поражение саксонской армии, 13 октября 1706 года союзник Петра, саксонский курфюрст и польский король Август II отказался от польского престола в пользу сторонника шведов Станислава Лещинского и разорвал союз с Россией. Несмотря на победу в сражении при Калише 18 октября 1706 года, Москва осталась в войне с Швецией в одиночестве.
В тот же период времени, предположительно, Мазепа замыслил возможный переход на сторону Карла XII и образование из Малороссии «самостоятельного владения» под верховенством Польского короля. Как сообщает в главе 13 своей книги Таирова-Яковлева, точная дата начала переговоров неизвестна, но 17 сентября 1707 года Мазепа открылся своему генеральному писарю Орлику. 16 сентября 1707 года Мазепа получил от польского короля, сторонника шведов Станислава Лещинского письмо, где «Станислав просил, чтобы Мазепа „намеренное дело начинал", когда шведские войска подойдут к украинским границам». Было очевидно, «что речь шла о заранее продуманном плане».
В «своей беседе с Орликом Мазепа объяснял свои переговоры с Лещинским исключительно военной угрозой». Он сказал, «что будет оставаться верен царскому величеству, „пока не увижу, с какой силой Станислав к границам украинским прейдет и какие будут успехи шведских войск в Московском государстве"». Таким образом, уже за год до перехода на сторону Карла Мазепа подготовил почву для того, чтобы в случае «крайней и последней нужды» перейти на сторону противника, если тот будет побеждать.
Существуют сведения, что первый замысел перехода на сторону Швеции обсуждался Мазепой и вдовой княгиней Дольской, по первому мужу Вишневецкой, в конце 1705 года (известны письма Дольской). Позже Мазепа вступил в тайные переговоры сперва с княгиней Дольской, затем с королём Станиславом Лещинским, в частности, через иезуита Заленского. Чтобы привлечь Мазепу на свою сторону, в 1706 году «княгиня Дольская передала Мазепе слова Б. П. Шереметева и генерала Рена, что Меншиков намеревается стать гетманом или князем Черниговским и „роет яму" Мазепе».
Незадолго перед тем Мазепа обвинил фастовского полковника Палея в измене Петру и в стремлении изменить порядок украинской жизни в пользу казацкой голытьбы и черни, Палей был отправлен в Москву, а оттуда сослан в Томск.
С 1688 года Мазепа был предметом ряда доносов Петру, говоривших о его измене. Пётр доносам верить не хотел; доносчиков наказывали, а доверие царя к гетману только возрастало.
В конце августа 1707 года последовал новый, опасный донос на Мазепу со стороны генерального судьи В. Л. Кочубея, посланный с севским иеромонахом Никанором, который прибыл в Москву 17 сентября. Но донесение было признано ложным в свете хорошо известной личной вражды между Кочубеем и Мазепой: в 1704 году у Мазепы был роман с дочерью Кочубея — Матрёной, которой он был восприемником (крёстным отцом), что сделало брак невозможным, поскольку такая связь считалась инцестом.
В январе 1708 года Кочубей послал Петра Янценка (Яковлева) со словесным известием об измене Мазепы. Яковлев явился благовещенскому протопопу (духовнику царя), который представил его царевичу Алексею Петровичу. Царь счёл новый донос опять ложным, поручив разбирательство друзьям гетмана: Гавриилу Ивановичу Головкину и Петру Павловичу Шафирову.
Напуганный этим доносом, Мазепа после благополучного для него исхода следственного дела (по приказу Петра I Кочубей и также доносивший на Мазепу полтавский полковник И. И. Искра подверглись пыткам, после чего, 14 июля 1708 года, были обезглавлены) ещё энергичнее повёл переговоры со Станиславом Лещинским и Карлом XII, закончившиеся заключением с ними тайных договоров. Мазепа предоставлял шведам для зимних квартир укреплённые пункты в Северщине, обязывался доставлять провиант, склонить на сторону Карла запорожских и донских казаков, даже калмыцкого хана Аюку. В 1708 году Мазепа всё ещё пользовался доверием царя.
Осенью 1708 года царь Пётр пригласил Мазепу присоединиться с казаками к русским войскам под Стародубом. Мазепа медлил, ссылаясь на свои болезни и смуты в Малороссии, вызванные движением Карла XII на юг и его предложениями. В то же время он совещался со старшинами, примкнувшими к нему, и вёл переговоры с Карлом через Быстрицкого и переписку с Меншиковым через А.Войнаровского. Меншиков решил навестить якобы больного Мазепу. Опасаясь разоблачения, Мазепа с гетманской казной бежал в конце октября с левого берега Десны к Карлу, стоявшему лагерем на юго-востоке от Новгорода-Северского, в Горках. С Мазепой было всего 1 500 казаков. Из шведского лагеря гетман написал письмо Скоропадскому, стародубскому полковнику, разъясняя причины своего перехода и приглашая старшину и казаков последовать его примеру.
Уничтожение Запорожской Сечи
К шведам, кроме трёхтысячного отряда Мазепы, позднее присоединилась часть запорожского войска под началом кошевого атамана Константина Гордиенко в количестве до 7 тысяч человек. «Замечательно, что запорожцы, всегда державшиеся интересов черни в борьбе с казацкою старшиною, и на этот раз заявили такое требование, которое было противно как Петру, так и Мазепе, чтобы в Малороссии не было старшины и чтобы весь народ был вольными казаками, как в Сечи».
По сведениям Д. Яворницкого, после жестокой свалки взяты были в плен — кошевой атаман, войсковой судья, 26 куренных атаманов, 2 монаха, 250 человек простых казаков, 160 человек женщин и детей. Из того числа 5 человек умерло, 156 человек атаманов и казаков казнено, причём несколько человек были повешены на плотах и самые плоты пущены были вниз по Днепру на страх другим.
Костомаров так описывает «треугольник» Пётр-Мазепа-Сечь: «Перед царём, выхваляя свою верность, он [Мазепа] лгал на малорусский народ и особенно чернил запорожцев, советовал искоренить и разорить дотла Запорожскую Сечь, а между тем перед малоруссами охал и жаловался на суровые московские порядки, двусмысленно пугал их опасением чего-то рокового, а запорожцам сообщал тайными путями, что государь их ненавидит и уже искоренил бы их, если бы гетман не стоял за них и не укрощал царского гнева». Мазепа писал Головину о своём давнем недруге Косте Гордеенко: «Запорожцы ни послушания, ни чести мне не отдают, что имею с теми собаками чинити? А все то приходит от проклятого пса кошевого… Для отмщения ему разных уже искал я способов, чтоб не только в Сечи, но и на свете не был, но не могу найти…»
Но случилось так, что Сечь была уничтожена русскими войсками именно тогда, когда часть запорожцев под водительством Гордеенко поддержала Мазепу. Ещё в 1703 году, когда «среди запорожцев начались „шатости"», Мазепа предложил Москве на казаков «несколько десять бомб бросить». По этому поводу Т. Г. Таирова-Яковлева высказывает интересную гипотезу о роли раздоров с Сечью в безнадёжном переходе Мазепы к шведам: «Кто знает, может быть, Мазепа, понимая, что гибнет, намеревался утащить в эту пропасть и Запорожье, которое он всегда считал врагом Гетманщины?».
События в Батурине
Карлу XII Мазепа обещал зимовку в городе Батурине — резиденции гетмана. Там были значительные запасы провианта и артиллерии, имелся хорошо подготовленный и преданный Мазепе гарнизон, которым руководил полковник Дмитрий Чечель. Планам Мазепы и Карла помешали войска под водительством Меншикова, взявшие крепость и все припасы в ней. Батурин был разорён, а гарнизон сердюков уничтожен. Во время этих событий погибло, по разным оценкам, от 5 до 15 тыс. военного и мирного населения Батурина. По С. Павленко 5 — 6,5 тыс. казаческого войска и 6 — 7,5 тыс. мирных жителей, всего 11 — 14 тыс. По оценкам авторов книги «История Украины. Непредубежденный взгляд» — 6 — 7 тыс. казаков и 3 — 4 тыс. мирных жителей, всего 9 — 11 тыс. Однако, согласно универсалу гетмана Ивана Скоропадского от 8 декабря 1708 г. и обнародованного 10 декабря 1708 г., кроме вооружённых защитников крепости, мирное население почти не пострадало:
…однак же що о жонах и детях, огвалтованю Паниен и о инном, що написано во изменничом Универсале, то самая есть неправда, гдыж не тылко тые не имеючие в руках оружия, але большая часть з Сердюков и з городовых войсковых людей, в Батурине бывших, на потом пощажены и свободою в домы, по указу Царского Пресветлого Величества, от князя, Его Милости, Менщикова, отпущены…
(На взгляд некоторых историков крайне сомнительное утверждение ибо отголоски Батуринской трагедии нашли свой отклик спустя сотню лет в сердцах украинского народа помнящего гибель сотен женщин и детей).
Официальное название событий в Батурине того времени, согласно документам Кабинета Министров Украины — «Батуринская трагедия». 21 ноября 2007 года Президент Украины подписал Указ «О некоторых вопросах развития Национального историко-культурного заповедника „Гетманская столица" и посёлка Батурин», которым предусмотрено сооружение в 2008 году Мемориального комплекса памяти жертв Батуринской трагедии.
Уничтожение войсками Карла XII городов и сёл Украины
«Во время перехода под Гадяч, спровоцированного русскими, шведам пришлось выйти из теплых хат на лютый мороз. Более ста шведских солдат отморозили себе руки и ноги, несколько десятков погибло. Раздраженный Карл в начале января бросил свои войска на Веприк, не желавший пускать шведов. После ожесточенной обороны, когда порох кончился, город сдался. Шведская армия потеряла около двух тысяч человек и множество офицеров. … Пленных отдали Мазепе, который приказал посадить их в яму». Солдаты русской армии, как военнопленные, принадлежали Карлу, который обращался с ними лучше. Как сообщает Даниел Крман (который, впрочем, не был очевидцем сражения), «Король оказал всем милость. Гетман же Мазепа вверг одних своих подданных в ямы, других же уморил голодом». Впрочем, королевская милость не означала свободу. Пленные содержались с января по июнь в специальных лагерях и были освобождены в результате восстания при поддержке русской армии незадолго до Полтавской битвы.
«После этого Карл взял Зеньков, Опошню и Лебедин. Местечки (по-русски — города) сопротивления не оказывали. В основном они стояли пустые. Карл распорядился их грабить, дома жечь, жителей убивать. В конце января был предпринят поход на Слободскую Украину, в результате которого еще десятки сел и местечек были уничтожены. Такие действия шведов спровоцировали начало партизанской войны, которую вели, прежде всего, крестьяне и которая делала положение Карла еще более тяжелым». Только в Терейской слободе шведами было убито более 1000 жителей. В феврале 1709 года шведы сожгли Коломак.
