Награды
Почётные звания
1963, 1974 — дважды Герой Социалистического Труда
7 июля 2003 года — Почётный гражданин Северодвинска
Ордена и медали
1963, 1970, 1974, 1984 — четыре ордена Ленина
1978 — Орден Октябрьской Революции
1997 — Золотая медаль имени В. Г. Шухова
2003 — Орден «За морские заслуги»
2009 — Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени
Премии
1965 — Ленинская премия — за руководство работами по созданию лодок проекта 658 в
1978 — Государственная премия СССР — за руководство работами по созданию кораблей проекта 667БДР
2004 — Премия имени А.Н. Крылова Правительства Санкт-Петербурга — за большой вклад в развитие отечественного судостроения и укрепления связей промышленности с Российской академией наук
2006 — Государственная премия Российской Федерации — за разработку, создание и развитие трёх поколений атомных подводных ракетоносцев.
Памятники
На Аллее Героев в Санкт-Петербурге установлен бюст Сергея Никитича.