28 марта 1989 сербский парламент, отменив югославскую конституцию 1974 года, восстановил суверенитет Сербии над краем. В этом же году Слободан Милошевич участвует в праздновании 600-летия Косовской битвы 28 июня. Милошевич провёл крупнейший митинг, на котором собралось около миллиона человек.
В 1989—1990 годах в рамках «Антибюрократической революции» по инициативе Милошевича были распущены парламент и правительство Косово. Почти все албанцы были уволены из государственных учреждений.
Сентябрь 1991: во время распада Югославии после тайного референдума была провозглашена «Республика Косова», которую признала лишь Албания. Создавались теневые структуры власти. С тех пор албанцы пассивным сопротивлением старались привлекать внимание мирового сообщества.
В 1992 году албанцы Косова избрали писателя Ибрагима Ругову в президенты Республики Косово. Был избран также парламент, так и не приступивший к работе. Назначенное Руговой правительство работало из-за границы.
Во время Боснийской войны в 1995 году авиация НАТО осуществила бомбардировки Республики Сербской (в рамках операции «Deliberate Force») после взрыва на сараевском рынке Маркале, приписанного сербам. В результате было достигнуто Дейтонское соглашение, а в Боснию и Герцеговину введены силы НАТО. Мирное сопротивление в Косове албанцам казалось безрезультатным, и Армия Освобождения Косова перешла к вооружённой борьбе.
Сентябрь—октябрь 1997: албанцы Косова бойкотировали выборы в парламент Сербии, произошли тяжёлые столкновения между албанцами и сербской полицией в Косово. В президентских и парламентских выборах «Республики Косово» Ругова был подтверждён в должности.
Армия Освобождения Косова
В конце 1980-х немецкая разведка восстанавливает так называемаемую «спящую агентуру» в Югославии и в Албании.
В Албании немецкие спецслужбы поддержали Сали Беришу, благодаря чему его партия одержала победу на выборах 1992 года. Одновременно ФРГ наладило контакты с Армией освобождения Косова, которая финансировалась и вооружалась Федеральной разведслужбой Германии.
В подготовке албанских боевиков принимали участие и американские спецслужбы. Ряд источников указывают на связи между АОК и американской организацией MPRI. Согласно им, военные советники MPRI обучали подразделения Освободительной армии Косово на секретных базах в Албании начиная с 1998 года. Один из руководителей албанских сепаратистов Агим Чеку отвечал за координацию с MPRI и получил от ООН пропуск, обеспечивающий ему дипломатический иммунитет в Косово. Связь между УЧК и MPRI открылась в июне 2001 года во время осады македонской деревни Арачиново (8 км к северу от столицы Македонии — г. Скопье), когда македонские силы окружили 400 повстанцев. Тогда один американский контингент перехватил инициативу и встал своеобразным щитом между македонскими силами и повстанцами, предотвратил таким образом атаку македонцев, что позволило албанцам безопасно выйти из Арачинова со всем вооружением и боеприпасами.