После запрета в 1811 году Бранденбургского Баллея Ордена св. Иоанна, король Фридрих Вильгельм III учредил Прусский Королевский Орден, куда принимали за заслуги. Хотя неблагородное происхождение не являлось препятствием для получения ордена, но незнатных членов ордена не было известно.

14 марта 1843 года, после восстановления Бранденбургского Баллея, Орден получил новый статут. Во главе Ордена стоит Магистр (Нerrenmeister), которому подчиняются коммендаторы (kommendatoren), рыцари Права (Rechtsritter) и рыцари Чести (Ehrenritter). Коммендаторы возглавляли провинциальные отделения, и были ответственны за попечение над орденскими больницами. Они составляли орденский капитул, который ежегодно в день Иоанна Крестителя должен был встречаться с Магистром. Рыцари Права были немецкими дворянами, евангелической конфессии и должны были до этого быть 4 года Рыцарями Чести. Рыцарями Чести становились дворяне-протестанты, достигшие 30-летнего возраста.

Орден основывал и поддерживал больницы и другие учреждения. Каждый рыцарь Чести выплачивал в качестве вступительного взноса 1000 марок и ежегодно - 60 марок.

После Второй Мировой штаб-квартира Ордена, замок Зонненбург(Sonnenburg) в Ноймарке (Бранденбург) оказался в составе Польши, и орден перенес штаб-квартиру в Бонн.