Родился в семье каменщика, архитектора-самоучки Августина. В акте о смерти Я.Килинского местом его рождения значится город Тшемешно Великопольскоего воеводства, но сам Килинский говорит в своих «Записках», что он родился в городе Познани, а в Тшемешно, вероятно, воспитывался и научившись башмачному ремеслу, стал мастером сапожничьего искусства (сапожником-модельером).
В 1780 переехал в Варшаву. В 1788 получил звание мастера-обувщика и стал популярным сапожником как среди столичной знати, так и среди простого народа. В короткое время, он скопил достаточно средств и купил два каменных дома. Затем, как человек, отличавшийся способностями и честностью, Килинский был выбран членом совета (радным) магистрата Варшавы.
Участие в варшавском восстании
Килинский примкнул к тайному патриотическому обществу, ставившему своей целью восстановление Польши после разделов в её прежних границах. Заговорщики вошли в сношения с эмигрантами: Игнатием Потоцким, Коллонтаем и Костюшко, которого пригласили принять начальство над войском. Костюшко принял предложение. В Варшаве началась подготовка к восстанию, деятельное участие в котором принял Ян Килинский.
17-18 апреля 1794 года, в великий четверг, в Варшаве вспыхнуло кровавое восстание. Ян Килинский возглавил повстанцев. После двух дней ожесточенных боев с русским гарнизоном под командованием О. А. Игельстрёма, захваченным врасплох, инсургенты овладели столицей. 19 апреля 1794 варшавяне присоединились к восстанию Костюшко и провозгласили его «Начальником восстания» и «Верховным Начальником Народных вооруженных сил».
Ян Килинский был избран членом временного совета и вошел в состав народной рады. 28 июня 1794 по его приказу варшавские вооруженные отряды были отправлены на фронт сражений с русскими частями и пополнили войско Костюшко. 2 июля 1794 Тадеуш Костюшко присвоил Килинскому чин полковника.
Во время блокады Варшавы пруссаками, летом 1794 года Килинский был назначен начальником 20-го доброльческого полка и содействовал отражению прусских войск от столицы (6 сентября).
После взятия Праги А. В. Суворовым, Килинский был взят в плен и, одновременно с Костюшко, Немцевичем и другими, отвезён в Петербург.
Находился в заключении в Петропавловской крепости до 1796 г. Во время содержания под арестом сочинял стихи и начал писать записки о пережитом. В ноябре 1796 года, сразу же по смерти Екатерины II, вместе с остальными предводителями восстания был освобождён Павлом I, которому принёс верноподданическую присягу.
Освобожденный Ян Килинский покинул Петербург, поселился в г. Вильне, где продолжил заниматься конспиративной деятельностью. Вторично был арестован российскими властями и вывезен в глубь империи.
После возвращения из ссылки, отошел от общественной деятельности, снова поселился в Варшаве, где продолжил заниматься своим ремеслом, писал мемуары, изданные посмертно в 2 томах (1830 и 1899). До конца жизни Ян Килинский получал пенсию от российского императора. Умер в 1819 году.
На погребение Яна Килинского собралось около 30.000 варшавян, которые провожали его до могилы. Килинский был похоронен на Повонзковском кладбище, в земляной могиле, без надписи. Его могила до настоящего времени не сохранилась, так как была уничтожена во время перестройки костела, у которого он был погребён.
Имел семерых детей: от первого брака—Франциска, Ваврженца (Лаврентия), Марианну, Агнешку; от второго брака—Антония,Игнатия, Юзефу.
