18 января 1944 года, ещё до одобрения окончательного проекта САУ, было принято решение о производстве 1000 «Хетцеров». 28 января А. Гитлер лично определил скорейшее начало производства и увеличение его объёма как важнейшую задачу для армии в 1944 году. Был установлен график производства, предусматривавший выход к марту 1945 года на производство 1000 машин в месяц. Для производства были выделены находившиеся на территории Чехословакии фирмы BMM и «Шкода». Первая из них ранее занималась производством Pz.KpfW.38(t) и машин на его базе, однако её месячный выпуск не превышал 151 бронемашины, «Шкода» же вовсе не имела опыта выпуска бронетехники, за исключением сборки нескольких прототипов. Позднее первоначальный заказ был увеличен до 2000 САУ на каждой из фирм, но в это число входили также шасси для выпуска Bergepanzer 38 и Jagdpanzer 38 «Старр». Помимо BMM и «Шкоды» в производстве компонентов «Хетцера» были также задействованы «Линке-Хофман» в Бреслау и «Полди» в Кладно.

Первые три «Хетцера» были собраны в марте 1944 года и приняты вермахтом в следующем месяце. В апреле были изготовлены уже 20 САУ, которые были продемонстрированы Гитлеру 20 апреля, но они всё ещё не были укомплектованы частью бронедеталей и после показа были возвращены на завод для достройки. В мае и июне производство «Хетцеров» продолжалось в соответствии с графиком, но в июле увеличить число выпущенных машин не удалось, что BMM объясняла задержками с поставкой орудийных установок. Выпущенные в этот период машины отличались также многочисленными мелкими проблемами с качеством сборки. В результате, хотя САУ принимались военной приёмкой даже несмотря на эти недоработки, Управлением вооружений было принято решение снизить темпы увеличения выпуска «Хетцеров» в августе — декабре 1944 года и перенаправить усилия на повышение качества.

Практически одновременно с началом производства «Хетцера» началось постепенное внесение изменений в его конструкцию. Одним из постоянных недостатков новой САУ была переутяжелённость носовой части, возникавшая из-за превышения её массы по сравнению с первоначальным проектом. 25 июня 1944 года для устранения этой проблемы было решено переработать конфигурацию лобового бронирования, увеличить толщину рессор подвески и разработать новую трансмиссию. Ещё в апреле была несколько уменьшена масса маски орудия, а также упрощено производство некоторых компонентов САУ. В мае — июле были введены двухстворчатый люк командира и дополнительные люки моторного отделения для упрощения посадки, высадки и доступа к агрегатам двигателя. В августе была введена облегчённая ещё на 200 кг маска орудия, а в сентябре подверглись усилению передние листы подвески путём замены 7-мм листов рессор на 9-мм, но планы разработки новой трансмиссии выполнены так и не были. Кроме того, летом были введены дополнительные смотровые приборы для командира и заряжающего, и продолжали постепенно вноситься изменения, направленные на упрощение производства САУ и повышение её надёжности.

В октябре 1944 года на заводы «Шкода» авиацией союзников были совершены два налёта, в ходе которых было сброшено 417 тонн бомб, что резко замедлило увеличение объёмов производства «Хетцера» на этом заводе, хотя и не прекратило его. В ноябре за счёт перекомпоновки боевого отделения удалось разместить в нём дополнительные пять выстрелов к пушке, кроме того, была улучшена вентиляция боевого отделения. В декабре число выпущенных САУ вновь упало, в том числе вследствие трёх новых авианалётов на заводы «Шкода», в ходе которых было сброшено 375 тонн бомб. Тем не менее, в январе 1945 года удалось достичь пикового значения выпуска «Хетцеров», после чего темпы производства начали резко падать. Причиной тому были всё усиливавшиеся проблемы с поставками материалов и частей, которые испытывала вся промышленность Третьего рейха, и продолжавшиеся бомбардировки заводов «Шкода», а с 25 марта — и BMM.

В январе 1945 года, в связи с частыми случаями выхода из строя бортовых передач при интенсивном маневрировании, были введены усиленные передачи модели 6.75. Кроме этого, в том же месяце на «Хетцеры» начал устанавливаться форсированный двигатель мощностью 176—180 л. с. В дальнейшем существенные изменения в конструкцию серийных САУ уже не вносились. Строились планы оснащения «Хетцера» многотопливным дизельным двигателем производства фирмы «Татра», но уже предварительная проработка проекта в январе 1945 года показала, что в САУ с дизельным двигателем по сравнению с «Хетцером» удастся оставить без изменений лишь лобовую оконечность корпуса, опорные катки и ленивец. В результате, хотя согласно приказу Г. Гудериана от 19 марта, в связи с нехваткой топлива заводам следовало немедленно перейти на выпуск Jagdpanzer 38 с дизельным двигателем, эта программа осуществлена так и не была, чтобы не допустить ещё большего снижения выпуска «Хетцеров».

Производство «Хетцера», несмотря на бомбардировки, недопоставку комплектующих и регулярные перебои с подачей электроэнергии, продолжалось вплоть до первых дней мая 1945 года. Для компенсации уменьшения выпуска САУ на BMM в результате бомбардировок, в первой половине апреля производство «Хетцера» с предприятий BMM в Праге на завод в Миловице. Основной проблемой для выпуска Jagdpanzer 38 в апреле стала нехватка 75-мм пушек PaK 39/2, производившихся на заводах в Германии, в связи с чем планировалось в мае устанавливать на «Хетцеры» также и пушки StuK 40, выпускавшиеся «Шкодой». Точное количество изготовленных в мае САУ неизвестно, но в целом, по данным Т. Йенца, в 1944—1945 годах фирмами BMM и «Шкода» было выпущено 2827 «Хетцеров». В более старых источниках приводятся меньшие цифры; в частности, распространённой являлась версия о 1600 выпущенных САУ.