Днепровские казаки (укр. козаки) образовали Запорожскую Сечь (ок. 1553 или 1556 года), которая по официальной версии считается старейшим из всех казачьих формирований.
Основанное на территории нынешней Украины, не входившей тогда официально в состав польского государства, несмотря на первоначальную независимость, Запорожское войско с 1572 года стало все больше и больше подпадать в определенную вассальную зависимость от Речи Посполитой (см. Реестровое казачество). В XVI веке, при короле Стефане Батории, казаки были образованы в полки Речи Посполитой для несения службы по охране границы и как вспомогательное войско в войнах с Турцией и Швецией. Эти казачьи отряды получили название реестровых казаков. В качестве лёгкой кавалерии они широко использовались в войнах, которые вела Речь Посполитая. Среди реестровых казаков выделяются также панцирные казаки, занимавшие нишу средней кавалерии — легче Крылатых Гусар, но тяжелее обычных реестровых казачьих войск.
Казачьи знамена, захваченные Радзивиллом[20], в 1651 году. Реконструкция.
В дальнейшем, политическое и религиозное давление со стороны Польши привело к параллельному существованию реестрового казачества, официально состоявшего на службе у польского короля, и нереестрового, которое королевская власть постоянно старалась безуспешно ликвидировать, но, фактически, не могла никак контролировать. Такое противодействие нереестрового казачества и официальной королевской власти на фоне общего притеснения как неказацкого крестьянского населения Украины, так и реестрового казачества, привело в итоге к возникновению национально-освободительной войны против польского господства, и к образованию независимого государства на территории, практически, всей современной Украины (Гетманщина), что в корне изменило геополитический баланс Восточной Европы. Однако, вскоре после завоевания независимости, казаки повернулись к России, и решили просить ее принять Запорожское казачество в свой состав. Осенью 1653 г. Земский собор, проходивший в Москве, принял решение:
"гетмана Богдана Хмельницкого и все Войско Запорожское з городами и з землями принять"
— Российское законодательство X-XX вв.: в 9 т.
Т.3. Акты Земских соборов. М., Юридическая литература, 1985.
Что и закрепила окончательно 8 января 1654 года Переяславская рада. После длительного периода номинальной зависимости от Речи Посполитой, Запорожское войско (вместе со значительной частью Украины /тогда - Малая Русь/) официально вошло в состав Русского Царства.
Однако, казацкая старшина часто враждовала между собой в борьбе за ту или иную власть, должности, используя для этого взаимные обвинения и прибегая к репрессивному аппарату государства. Нередки были и реальные злоупотребления своими полномочиями.
В 1696 году, киевский воевода князь Барятинский получил от стародубского жителя Суслова письмо, в котором тот пишет: "Начальные люди теперь в войске малороссийском все поляки. При Обидовском, племяннике Мазепы, нет ни одного слуги казака. У казаков жалоба великая на гетманов, полковников и сотников, что для искоренения старых казаков, прежние вольности их все отняли, обратили их себе в подданство, земли все по себе разобрали. Из которого села прежде на службу выходило казаков по полтораста, теперь выходит только человек по пяти или по шести. Гетман держит у себя в милости и призрении только полки охотницкие, компанейские и сердюцкие, надеясь на их верность и в этих полках нет ни одного человека природного казака, все поляки...
— С. М. Соловьев - "Исторія Россіи", т. XIV. М 1962, кн. VII, стр. 597-598
В итоге, Запорожская Сечь была разрушена, а Запорожское войско расформировано Екатериной II в 1775 году. Часть запорожцев ушла за Дунай, на территорию, принадлежащую тогда Турции, и основала Задунайскую Сечь, часть сохранила казачий статус, но была переселена впоследствии на Кубань, в результате чего возникло Кубанское казачье войско.
Донское войско
Появление значительного количества казачьего населения в низовьях Волги и Дона на рубеже XV—XVI вв. историк Е. П. Савельев связывает с беженцами из Хлыновской земли после завоевания ее в 1489 году Московским княжеством и из Великого княжества Рязанского, в связи с присоединением его в 1520 году к Москве. Однако, согласно Е. П. Савельеву, этим переселением был завершен многовековой «круговорот» части коренного казачьего населения приазовья и Дона, покинувшего в XIII веке исконные территории и переселившегося в Новгородские и Вятские земли.
Донские казаки начали систематическую колонизацию окраин России (часто в союзе с Россией), заселив низовья Волги, Яика и Терека. Официальное сотрудничество с Русским царством донские казаки начали в качестве союзников, завоевав Астраханское и Казанское ханства, и, образовав Войско Донское, продолжили впоследствии, участвуя, к примеру, в Ливонской войне. В последующем, казаки стали основой новых войск Русского царства. Усилиями казачьих дружин к России были также присоединены обширные территории Сибири.
До конца XVI века Донское казачье войско было абсолютно независимым и до 1716 года Царство Русское вело отношения с областью Войска Донского через Посольский приказ (т.е., говоря современным языком, через «министерство иностранных дел»), как со всеми другими самостоятельными государствами.
Донские казаки присягнули царю Алексею Михайловичу в 1671 году, а с 1721 года войско было подчинено Санкт-Петербургской Военной коллегии. К концу царствования Петра Великого вслед за донскими и яицкими казаками в ведомство военной коллегии перешли и остальные казачьи общины. Внутреннее их устройство было преобразовано, была введена иерархия правительственных властей. Подчинив своей власти казаков в числе 85 тыс. человек, правительство использовало их для колонизации вновь завоёванных земель и охраны государственных границ, преимущественно южной и восточной.
Яицкое казачье войско
Еще в конце XV века на реке Яик образовались вольные общины казаков, из которых сформировалось Яицкое казачье войско. По общепринятой традиционной версии, как и донские казаки, яицкие казаки формировались из переселенцев-беженцев из Русского царства (например, из Хлыновской земли), а также, благодаря миграции казаков с низовьев Волги и Дона. Их основными занятиями были рыболовство, добыча соли, охота. Войско управлялось кругом, который собирался в Яицком городке (на среднем течении Яика). Все казаки имели подушевое право на пользование угодьями и участие в выборах атаманов и войсковой старшины. Со второй половины XVI века русское правительство привлекало яицких казаков для охраны юго-восточных границ и военной колонизации, разрешая им вначале приём беглых. В 1718 году правительство назначило атамана Яицкого казачьего войска и его помощника; часть казаков объявлена беглыми и подлежала возврату на прежнее место жительства. В 1720 году произошли волнения яицких казаков, которые не подчинились приказу царских властей о возврате беглых и замене выборного атамана назначенным. В 1723 году волнения были подавлены, руководители казнены, выборность атаманов и старшины упразднена, после чего войско оказалось разделённым на старшинскую и войсковую стороны, в которой первые держались линии правительства, как гарантирующего их положение, вторые требовали вернуть традиционное самоуправление. В 1748 году была введена постоянная организация (штат) войска, разделённого на 7 полков; войсковой круг окончательно утратил своё значение.
Впоследствии, после подавления восстания Пугачева в котором яицкое казачество приняло активное участие, в 1775 году Екатерина II издала указ о том, что в целях полного предания забвению случившейся смуты Яицкое войско переименовывается в Уральское казачье войско, Яицкий городок в Уральск (был переименован и еще целый ряд населенных пунктов), даже река Яик была названа Уралом. Уральское войско окончательно утратило остатки былой автономии.
