В 2007 году Кадыров был награждён орденом «Золотая звезда — Честь и Достоинство» и званием «Заслуженный защитник прав человека» Международного комитета защиты прав человека. По словам помощника председателя Международного комитета защиты прав человека Александра Сапронова, Кадыров награждён за «личный вклад в дело защиты прав человека»

В апреле 2008 года на встрече с Рамзаном Кадыровым комиссар Совета Европы по правам человека Томас Хаммарберг отметил, что в Чечне «в сфере прав человека многое изменилось в позитивную сторону». Он заявил, что в целом восстановление Чечни «носит реальный, а не декларативный характер». Хаммарберг побывал в грозненском СИЗО, оценив ситуацию в этом учреждении как благоприятную. «Такой проблемы, как выбивание признаний у заключённых, на сегодняшний день в республике не существует, и это хорошо», — отметил Хаммарберг. Хаммарберг также встретился с председателем Верховного суда Чечни Зиявди Заурбековым и выразил мнение, что судебная система Чечни функционирует в полном объёме. «Со своей задачей — защитой прав и свобод граждан — судебная система ЧР справляется успешно», заявил он.

Ряд международных и российских правозащитных организаций возлагают на него ответственность за похищения, пытки и бессудные убийства. Эти обвинения не подкреплены судебными решениями (российских судов).

Рамзана Кадырова неоднократно обвиняли в причастности к похищению мирных жителей, на что он обещал подать в суд, например, на журналистку Анну Политковскую, обвинявшую его в изнасилованиях и похищениях, что, однако, не было сделано. В частности, по данным ряда источников, Кадыровым сразу после убийства его отца были похищены и заключены в его личной тюрьме в селе Хоси-Юрт (Центорой) родственники чеченского террориста Докку Умарова: 70-летний отец, жена, 6-месячный сын и сестра[87] В январе 2004 г. британская газета «Гардиан» утверждала, что Р. Кадыров лично пытает и избивает заключённых. По утверждению газеты, работник бензоколонки по имени Арби подвергся избиению. Пресс-секретарь администрации Кадырова Абдулбек Вахаев заявил тогда, что Рамзан никогда не участвует в избиениях и пытка.

Как заявлял от имени части российских правозащитников в феврале 2007 года Лев Пономарёв, именно спецназ Кадырова теперь является главным виновником гибели мирных жителей и похищений в Чечне (боевики, по его мнению, менее активны). Руководитель Московской Хельсинкской группы Людмила Алексеева заявила:

Я знаю, что Кадыров не только проводит политику похищений людей, которые бесследно исчезают, или которых потом находят мёртвыми со следами пыток, или оказываются в заключении по сфабрикованным обвинениям, я знаю, что он сам принимал участие и в пытках, и в убийствах.

В совместном заявлении российских правозащитников Кадыров обвиняется, кроме нарушений прав человека, в создании тоталитарного режима.

Некоторые правозащитники утверждали, что операции, осуществлявшиеся силами подчиняющихся Кадырову вооружённых формирований, сопровождаются серьёзными нарушениями прав человека. По тем же данным, «мирное население Чечни этой группы („кадыровцев") боится больше всего — даже больше, чем федеральных служащих»; сами же формирования кадыровцев состоят в значительной степени из лиц, совершивших в межвоенный период в Чечне уголовные и экономические преступления.

По утверждению «Хьюман Райтс Вотч»,

В рамках российской политики «чеченизации» конфликта все более заметная роль отводилась силовым структурам Чеченской Республики, подконтрольным Рамзану Кадырову. В 2004—2005 гг. они постепенно заняли место федеральных сил в качестве главных фигурантов насильственных исчезновений. «Кадыровцы» располагают собственными тюрьмами, которые находятся вне юрисдикции каких-либо профильных государственных структур, и где содержатся под стражей сотни людей, зачастую подвергающихся недозволенному обращению. Республиканские силовые структуры также несут ответственность за практику принуждения лидеров боевиков к сдаче с помощью захвата в заложники их родственников. Кремль не только попустительствует такой практике, но и фактически поощряет её: Рамзан Кадыров стал первым вице-премьером Чечни и Героем России.

В ходе выездов представителей HRW в Чечню в апреле-сентябре 2006 года были зафиксированы 82 случая похищения и пыток людей. В 2006 г. HRW располагала детальными описаниями не менее 10 объектов, где незаконно удерживаются люди — в основном это базы или частные дома, которые принадлежат лояльным Кадырову командирам. Среди прочих мест тайного содержания пленников, значилась и окраина Центороя (родового селения премьера), и штаб-квартира антитеррористического центра (АТЦ) в Гудермесе, под которым Кадыров отстроил новый особняк.

Как пишет британская газета «The Independent», в докладе «Хьюман Райтс Вотч» утверждается, что приёмы пыток, используемых Кадыровым и его подручными, следующие: пытка электрическим током; избиение электрическим кабелем или пластиковыми бутылками, заполненными водой или песком (чтобы не оставалось следов); прижигание папиросой; изнасилование. Аналогичные обвинения выдвигала и «Международная амнистия».

По утверждениям «Новой газеты» и ряда зарубежных СМИ, Рамзан Кадыров мог быть заказчиком убийства Анны Политковской. Однако, согласно другой версии, это убийство было провокацией против Кадырова. Одним из главных фигурантов дела об убийстве является приближённый Кадырова, бывший глава Ачхой-Мартановского района Чечни Шамиль Бураев По словам самой Политковской, Кадыров и его приближённые (в его присутствии) лично угрожали ей убийством в Центорое: «Тебя надо было расстрелять ещё в Москве, на улице, как там у вас в Москве расстреливают… Ты — враг».

Позиция Рамзана Кадырова заключается в том, что смерть Политковской была прежде всего выгодна Борису Березовскому, который скрывается от российского правосудия за рубежом. Кадыров подчеркнул, что Политковская оказывала ему помощь, и в смерти журналистки виновны его противники:

Анна Политковская не мешала, а помогала мне. Когда она писала плохо про моего отца, можно было подавать в суд или устраивать разборку. Но чеченцы с женщинами разборок не устраивают. Я думаю, что те, кто заказал это убийство, опять хотели очернить Кадырова. Я женщин не убиваю и не убивал никогда.

По словам Кадырова, правозащитные организации проявляют необъективность при освещении событий в республики, выступая в защиту членов незаконных вооружённых формирований и умалчивая о преступлениях сепаратистов:

У меня в селении Автуры пропали без вести 11 человек. Это были близкие мне люди. Их до сих пор не нашли ни живыми, ни мертвыми, и ни одна правозащитная организация не заявила об этом. Я считаю, что у них однобокие подходы к проблемам защиты прав человека.

…если что-то случалось с Масхадовым, Басаевым или их людьми, то все правозащитники поднимали шум.

У меня Басаев, Масхадов убили 420 человек, но обоим тоже никто не говорит, а только сыпят обвинениями, что я якобы похищаю людей.

Кадыров вновь решительно отверг обвинения в похищениях граждан: «зачем мне похищать людей, если есть закон, который наказывает за содеянное преступление?».

В своей беседе с британским журналистом Т. Парфиттом Кадыров категорически отверг обвинения в нарушении прав человека, которые приписываются ему журналистами и правозащитными организациями. По его словам, один из таких журналистов получает денежное вознаграждение от сепаратистов: «это просто журналисты, которым платят за то, что они это пишут».

В начале марта 2009 года в газете «International Herald Tribune» утверждалось, что Кадыров осуществляет кампанию по насаждению исламских ценностей и укреплению традиционных обычаев, тем самым создавая диктаторский режим, где не действуют российские законы. Также освещались «признания» Руслана (Аслана) Халидова, утверждавшего, что Рамзан Кадыров якобы приказал убить живущего в Норвегии выходца из Чечни Магомеда Очерхаджи и давал поручение установить контакты с норвежскими властями с целью их дезинформирования и дискредитации проживающих в Норвегии чеченцев. 6 марта того же года пресс-служба президента ЧР отвергла обвинения Халидова, подчеркнув, что публикация заявлений Халидова является «очередной информационной диверсией, и это не что иное, как еще одна попытка остановить процесс восстановления гражданского мира в Чеченской республике и сорвать процесс возвращения чеченцев, покинувших республику».

По утверждениям Международной федерации прав человека в Хельсинки, среди существующих в Чечне частных тюрем по крайней мере две расположены в родовом селении Кадырова Центорой и находятся в его личном распоряжении. Одна из них состоит из бетонных бункеров или камер, где содержат похищенных родственников боевиков (включая стариков, женщин и детей) с целью шантажа последних. В частности, там держали отца и жену Докку Умарова, и семерых родственников Аслана Масхадова, отпущенных после убийства последнего. По факту похищения родственников Масхадова прокуратура Чечни возбудила уголовное дело, однако приостановила его «из-за невозможности привлечь свидетелей к ответственности в качестве подсудимых». По утверждению заместителя Генерального прокурора Российской Федерации Н. И. Шепеля, «родственников Масхадова освободили в результате специальной операции, организованной правительственными силами».

Утверждается, что вторая тюрьма находится во дворе или в непосредственной близости от дома Кадырова. Третья тюрьма предположительно находится на юго-восточной окраине селения, в местности, по утверждениям жителей являющейся базой «кадыровцев». Она также используется для содержания похищенных членов семей боевиков.

1 мая 2006 г. делегация Европейского комитета по предотвращению пыток попыталась осмотреть Центорой, однако была задержана на въезде в село. На следующий день она была допущена в село, случившееся же было объявлено своеволием милиционеров с блок-поста; однако, по мнению правозащитников, это дало Кадырову время для заметания следов.

Кроме тюрем в Центорое, в докладе Международной федерации по правам человека отмечено ещё не менее 10 незаконных тюрем, созданных и контролируемых непосредственно подчиняющимися Кадырову формированиями — так называемыми «кадыровцами». По мнению правозащитников, «одной из причин существования такой параллельной системы заключения является получение „признаний" и „свидетельств" путём жестоких избиений и пыток, после которых наступает черед официального задержания и казни соответствующих лиц. Большое количество таких криминальных дел сфабриковано».

Одна из наиболее скандально-известных тюрем Чечни — колония в Чернокозово, множество раз обвинялась в пытках и издевательствах над заключёнными со стороны Кадыровцев.