13 апреля 2008 года из-за родственника Кадырова, значительно превысившего скорость, в центре Гудермеса на улице Терешкова произошло дорожно-транспортное происшествие, в результате которого погибли два бойца батальона «Восток».
14 апреля 2008 года разгорелся конфликт между Ямадаевым и Кадыровым, когда оба кортежа отказались уступать друг другу дорогу на трассе «Кавказ» в районе города Гудермес. Спустя два часа, по указанию Рамзана Кадырова были подняты батальоны «Север», «Юг», республиканский ОМОН, СОБР, полк имени Ахмата-Хаджи Кадырова, нефтяной полк, спецназ МВД Чечни, которые общей численностью 25 тысяч человек блокировали базу батальона «Восток» в Гудермесе, на которой находилось порядка 500 человек, и приказали перейти бойцам под руководство Кадырова, то есть добровольно покинуть батальон «Восток» ГРУ Министерства обороны РФ. 15 апреля Кадыров публично обвинил Ямадаева в убийствах и похищениях мирных жителей, одновременно в отношении брата Ямадаева Бадруди было возбуждено уголовное дело по статье 318 УК «Применение насилия в отношении представителя власти». 19 апреля Ямадаев обвинил Кадырова в аналогичных преступлениях.
В мае 2008 года Сулим Ямадаев был отстранён от командования батальоном. В августе он был объявлен следственным комитетом по ЧР в федеральный розыск по обвинению в похищении и убийствах мирных граждан.
Участие в боях за Цхинвал
8 августа 2008 года Сулим Ямадаев, находившийся в это время в федеральном розыске, во главе роты батальона «Восток» (под эгидой ГРУ) был переброшен на передовую Войны в Южной Осетии. Днём 9 августа грузинские источники зафиксировали первое боестолкновение бойцов Ямадаева с грузинскими военными на высоте Тиакани. Вечером того же дня рота Ямадаева участвует в установлении полного контроля над Цхинвалом, который до этого был ареной ожесточенных боев между грузинскими и российскими войсками.
13 августа рота Ямадаева в составе российской группировки заняла грузинский Гори.
21 августа 2008 года приказом Министра обороны РФ был уволен в запас с сохранением воинского звания.
22 августа прокуратура Чечни отменила постановление об объявлении С. Ямадаева в федеральный розыск в связи с тем, что его местоположение было установлено.
24 сентября в самом центре Москвы киллеры убили Руслана — брата Сулима Ямадаева.
Тем не менее, 11 ноября появилась информация, что Сулим «пошёл на повышение» и назначен заместителем командира Таганрогской бригады ГРУ.
Переезд в ОАЭ
22 ноября 2008 года Ямадаев дал интервью журналистам «Новой газеты», в котором сообщал о своем конфликте с Кадыровым и о том, что из Чечни в Москву за ним выехала специальная группа с целью его ликвидации. Интервью было опубликовано 24 ноября, хотя аудиозапись появилась там двумя днями раньше. 24 же ноября стало известно, что уголовные дела в отношении Ямадаева будут переданы чеченской прокуратурой в военную, что сделало невозможным расстрел Ямадаева людьми Кадырова якобы «при задержании». После этого Ямадаев вылетел в ОАЭ, где поселился в Дубаи под своим именем, вопреки расхожему мнению об изменении имени и фамилии.
Покушение в ОАЭ
28 марта 2009 года в подземном гараже элитного комплекса «Jumeirah Beach Residence» города Дубаи (ОАЭ) на Сулима Ямадаева было совершено покушение. Злоумышленник трижды выстрелил Ямадаеву в спину.
Начальник дубайской полиции генерал Дахи Хальфан Тамим официально подтвердил смерть Ямадаева, на том же настаивал и генеральный консул России в ОАЭ, член Совета Федерации от Чечни Зияд Сапсаби также подтвердил, что Ямадаев был похоронен ещё в понедельник (30 марта) на дубайском кладбище Аль-Куз. В то же время, брат Сулима — Иса — заявил, что брат всего лишь ранен и уже пребывает в сознании[22].
Дубайская полиция задержала нескольких подозреваемых в убийстве. Из них один русский, а остальные — чеченцы, впоследствии все задержанные были освобождены.
5 апреля 2009 года начальник дубайской полиции генерал Дахи Хальфан Тамим заявил, что арестованы двое непосредственных участников преступления — Махди Лорния (гражданин Ирана) и Максуд-Джан (гражданин Таджикистана), а также, что трое граждан России и гражданин Казахстана будут объявлены в международный розыск; подозреваемые, в частности, депутат Госдумы России Адам Делимханов (двоюродный брат Рамзана Кадырова), были объявлены в розыск через Интерпол. В дубайской полиции также заявили, что пистолет убийцам был передан одним из охранников Делимханова (имя охранника не разглашается). Адам Делимханов назвал обвинения в его адрес провокацией и заявил о готовности сотрудничать со следствием, однако после этого он все время скрывается в Чечне и передвигается только с большим кортежем охранников.
Рамзан Кадыров после последнего покушения на Сулима Ямадаева обвинил его в убийстве своего отца Ахмата Кадырова в 2004 году.
10 апреля 2009 года глава МИД РФ Сергей Лавров сделал заявление, что рассчитывает в ближайшее время получить от властей ОАЭ официальные данные по факту покушения на Сулима Ямадаева.
4 мая брат Сулима — Иса Ямадаев сообщил прессе, что его брат жив, выздоравливает после ранения в шею, и начал говорить.
С 1996 года на Сулима Ямадаева, по самым минимальным подсчетам, было совершено около 19 покушений.
По информации семьи Ямадаевых, Сулим находился в одной из больниц в Дубае и шёл на поправку, после чего, по заверениям его родственников, обязательно должен вернуться в Россию.
13 апреля 2010 года Иса Ямадаев передал прессе фотографию Сулима, сделанную в госпитале. Иса Ямадаев утверждал, что его брат выжил в результате покушения и продолжал лечение.
16 июля 2010 года власти Дубая официально признали Сулима Ямадаева погибшим во время покушения 28 марта 2009 года.
23 августа 2010 года Иса Ямадаев сообщил, что по решению семьи Ямадаевых, Сулим был отключен от аппарата жизнеобеспечения, в результате чего умер.
