Участие бронепоезда в Гражданской войне
Весной 1919 года бронепоезд «Иоанн Калита» участвовал в боях в Каменноугольном районе (Донбасс). В июне 1919 года был переброшен на царицынское направление для содействия штурма войскам ВСЮР Царицына. В первых числах июля 1919 года был возвращён в Харьков в состав Добровольческой армии. В июле действовал на железнодорожных ветках Харьков-Полтава и Харьков-Лозовая и прикрывал наступление ВСЮР в сторону Полтавы. Затем был переброшен на линию Харьков-Ворожба. С августа 1919 года содействовал наступлению 1-го Армейского корпуса ВСЮР вдоль железной дороги Харьков — Москва севернее Белгорода, участвовал в штурме Курска. В начале октября 1919 года вместе с бронепоездом «Офицер» содействовал корниловцам при наступлении на Орёл и штурме города. В октябре 1919 — январе 1919 гг. отступал к вместе с часями Добровольческой армии к Новороссийску.
Исследователь истории бронепоездов И. Дроговоз приводит следующие сведения об одном из эпизодов действий бронепоезда «Иоанн Калита»:
В 1920 году в бою возле станции Бельманка бронепоезд Красной армии разогнал и толкнул в сторону врангелевского тяжелого бронепоезда «Иоанн Калита», причинявшего много неприятностей большевикам, брандер, набравший при движении под уклон большую скорость. Командир «Иоанна Калиты», обнаружив приближение брандера, приказал полным ходом отходить назад, к югу. Затем, остановив поезд, в короткий срок подготовил контрольную платформу, и разогнав, отцепил и толкнул ее в сторону приближающегося брандера, а сам отошел дальше на юг. В результате столкновения с платформой брандер взорвался в 800-х метрах от бронепоезда, который остался невредимым. Пострадало только железнодорожное полотно: после мощнейшего взрыва осталась большая воронка, а рельсы были выворочены на протяжении 200 метров. «Иоанн Калита» уйдя на юг участвовал в последующих боях.
Бронепоезд был оставлен в марте 1920 года у Новороссийска при эвакуации Добровольческой армии.
Восстановление бронепоезда в Крыму
Тяжелый бронепоезд «Иоанн Калита» был заново сформирован в Крыму в марте 1920 года на базе 2-й батареи 1-го дивизиона морской тяжелой артиллерии. Оставлен при эвакуации Керчи 1 ноября 1920 года. Командиры поезда в Крыму: полковник В.З. Кунцевич (март 1920), капитан Норенберг (март - ноябрь 1920).
