Трафальгар. HMS Agamemnon в наветренной колонне, третий справа
1805 — сентябрь, капитан сэр Эдвард Берри (англ. Edward Berry, капитан HMS Vanguard под командованием Нельсона при Абукире). Agamemnon покинул Спитхед 2 октября с лордом Робертом Фитцджеральдом (англ. Robert Fitzgerald), британским послом в Португалии, на борту. Примерно в 2 часа ночи на 10 октября они увидели, что окружены рядом крупных кораблей. На рассвете обнаружилось, что это французская эскадра из пяти линейных кораблей из Рошфора, бывший британский Calcutta, два фрегата и бриг, и при них несколько торговых судов на буксире.
За Agamemnon погнались один трехдечный корабль и два других. Капитан Берри поднимал сигналы и стрелял из пушек, пытатясь внушить противникам, что ведет их в ловушку. Он ушел, когда преследователям было приказано повернуть в Порту за конвоем, часть которого они и захватили.
12 октября у мыса Сент-Винсент посол перебрался на HMS Nautilus, и на следующий день они присоединились к лорду Нельсону в 90 милях к западу от Кадиса.
На полпути к Кадису Agamemnon был направлен к эскадре капитана Джорджа Даффа (англ. George Duff). 20 октября у Кадиса он почти попался, когда капитан Берри, преследуемый адмиралом Магоном (фр. Magon) не захотел упустить американский приз, торговое судно. В тот же вечер, находясь между враждебными флотами, он попал во внезапный шквал и потерял грот-стеньгу.
На следующий день, в наветренной колонне Нельсона, он участвовал в битве при Трафальгаре. Лишив мачт французский 74-пушечный, он занял позицию под кормой Santisima Trinidad, где подвергся атаке сразу четырех двухдечных. Пушки противника целились так высоко, что повреждения корпуса были небольшие. Если бы они стреляли ниже, то наверное, его потопили бы. Потери Agamemnon составили всего 2 убитых и 7 раненых.
Сан-Доминго
Сан-Доминго. HMS Agamemnon на заднем плане, концевой
Позже в том же году он был с эскадрой сэра Джона Дакворта в Вест-Индии.
3 марта 1806 года эскадра прошла пролив Мона (между Эспаньолой и Пуэрто-Рико) и 5 марта HMS Magicienne сообщила о противнике — десяти линейных в сопровождении фрегатов и корветов — в водах у города Сан-Доминго. На рассвете следующего утра Acasta подняла сигнал «вижу 2 фрегата противника», а через час, «9 кораблей на якоре». В 8 часов противник был обнаружен в компактной линии, на пути к мысу Низао, между Сан-Доминго и бухтой Окоа. Так как были видны только пять линейных и два фрегата, сэр Томас счел, что они идут на соединение с остальными французами, и скомандовал ближний бой.
Наветренный дивизион составили: HMS Superb, HMS Northumberland, HMS Spencer, Agamemnon.
Подветренный дивизион: HMS Canopus, HMS Donegal, HMS Atlas.
Фрегаты: HMS Acasta, HMS Magicienne, HMS Kingfisher, HMS Epervier.
Менее чем за два часа два линейных корабля французов, Imperial и Diomede, были загнаны на берег и полностью уничтожены; Alexandre, Jupiter и Brave были взяты в плен. Agamemnon потерял одного матроса, Джеймса Кавано (англ. James Cavanagh) убитым, 5 матросов и 8 морских пехотинцев получили ранения.
После боя Agamemnon сопровождал контр-адмирала Кокрейна (англ. Alexander Cochrane) на Northumberland, который шел с временной мачтой, обратно на вест-индскую станцию.
Утром 24 марта 170 милях к северо-востоку от Мартиники, Agamemnon присоединился к HMS Carysfort, который уже тридцать часов преследовал некий бриг. В половине восьмого бриг сдался и оказался французским Lutine, 33 дней как из Лориана, капитан Дешантёр Кроке́ (фр. Dechauteurs Crocquet). Две из его 18 пушек были сброшены за борт. Он был взят в Королевский флот, под названием HMS Hawk.
В полдень 29 марта, примерно в 56 милях к северо-востоку от Барбадоса, был замечен HMS Heureux в погоне за шхуной противника. Будучи с подветра, капитан Берри не позволил жертве бежать под ветер, и в половине восьмого оба корабля были с ней борт к борту. Это была La Dame Ernouf, 14 дней назад вышедшая с Гваделупы. Ее шестнадцать длинноствольных 6-фунтовых пушек были сброшены за борт во время погони.
Другим призом стала испанская шхуна Sevillana, назначением в Вера-Крус из Коруньи.
1806 — капитан Джонас Роуз (англ. Jonas Rose), вернулся домой в сентябре с конвоем из 275 ценных «купцов».
Копенгаген
После ремонта в Чатеме, в июле 1807 года корабль присоединился к экспедиции на Копенгаген. Датский флот сдался 7 сентября, а 21 октября Agamemnon доставил домой 665 человек 95-го полка. Его первый лейтенант с призовой партией привел в Англию Princess Caroline (74), приз, груженый корабельным лесом, тросами, якорями и рангоутом. Она была взята в британскую службу.
В декабре Agamemnon присоединился к эскадре, блокирующей Тахо.
Южная Америка
1808 — ремонт в Чатеме для перехода в Бразилию, где он входил в эскадру, охранявшую португальское королевское семейство.
Выполнил один поход, в котором определил точное место острова Тринидад в Южной Атлантике. На острове были найдены семь человек с американского китобойного судна. Они оказались там 18 месяцев назад, когда их китобой унесло штормом и, так как у них было много козлятины, рыбы и яиц, они были не против ждать, пока он вернется за ними.
Гибель
Agamemnon потерпел крушение возле острова Гориция в устье Рио-де-Плата, 20 июня 1809 года. Никто не погиб, и все грузы были сняты с помощью Bedford и Mistletoe. После этого шхуна ошвартовалась к борту и сварила для людей ужин.
