Фактически, войну проиграли обе стороны. От 60 до 130 тысяч сальвадорцев оказались изгнаны или бежали из Гондураса, что привело к экономическому коллапсу в некоторых областях. В конфликте погибло/получило тяжелые увечья порядка 2000 человек, в основном, мирных жителей (по другим данным, погибло 6000 человек). Двусторонняя торговля полностью прекратилась, а граница была закрыта, что нанесло ущерб обеим экономикам и превратило Центральноамериканский общий рынок в организацию, существующую лишь на бумаге.
Политическое влияние военных в обеих странах усилилось после войны. На выборах в парламент Сальвадора кандидатами от правящей Партии национального примирения в основном были военные. Однако правительство оказалось неспособно успешно решать экономические проблемы, связанные с появлением тысяч депортированных из Гондураса граждан в и без того перенаселённой стране. Кроме того, правительство лишилось экономического «предохранительного клапана», который раньше предоставляла нелегальная эмиграция в Гондурас; снова резко обострился земельный вопрос. Возникшее в результате всего этого социальное напряжение было одной из причин разразившейся в Сальвадоре в 1981 году гражданской войны.
Результаты футбольных матчей
6 июня 1969 г., Тегусигальпа, Гондурас. Гондурас — Сальвадор 1:0 (0:0 после первого тайма).
15 июня 1969 г., Сан-Сальвадор. Сальвадор — Гондурас 3:0 (3:0).
Матч плей-офф, 27 июня, Мехико, Мексика. Сальвадор — Гондурас 3:2 в дополнительное время (1:2, 2:2).
Обыграв осенью в финальном этапе отбора гаитян, сборная Сальвадора по футболу впервые в своей истории вышла в финальную часть чемпионатов мира по футболу, где заняла последнее место, проиграв всухую во всех матчах.
