Дорошенко был трижды женат, имел двух дочерей и трёх сыновей (причем от первых двух браков — одну только дочь).
Второй женой гетмана была Любовь, дочь Павла Яненко-Хмельницкого, племянника Богдана Хмельницкого.
По линии последнего брака Дорошенко с Агафьей Еропкиной, заключённого в 1684 году, его прапраправнучками была Наталья Гончарова (жена Александра Пушкина) и Идалия Полетика. В семье Гончаровых помнили о своем происхождении: брат Натальи поставил над могилой Дорошенко часовню, которую разобрали в 1953 году.
Библиография
Костомаров «Руина» (СПб., 1882)
Дорошенко Д. Гетьман Петро Дорошенко. - Нью-Йорк,1985