Впоследствии Дарий, согласно Геродоту, казнил Арианда, ставшего вести себя независимо и даже начавшего чеканить собственную монету, что было прерогативой только царя. На его место был назначен перс Ферендат. Полиен, напротив, говорит, что сами египтяне восстали, негодуя на жестокость Арианда (у него Ориандр). Дарий отправился через Аравийскую пустыню в Мемфис и застал в Египте траур по Апису. Он объявил 100 талантов награды за нахождение нового Аписа и этим привлёк к себе египтян, которые оставили мятежников. Считается, что это произошло в 4-й год Дария, то есть в 518 года до н. э., от которого у нас есть стела из Серапеума с надписью о смерти Аписа. Но такая же надпись есть и от 31-го года Дария, да и вообще этот рассказ несколько похож на вымысел. Диодор говорит, что египтяне очень ценили Дария за то, что он старался загладить проступки Камбиса, и считали его одним из своих законодателей. Говорит также, что жрецы не позволили ему поставить свою статую рядом со статуей Сесостриса, ибо последний-де покорил скифов, а он нет. Вздорность этого рассказа очевидна уже из того, что скифы упоминаются в перечне подвластных народов, но он характерен для египетских преданий позднего времени. Во всяком случае, во всё последующее время царствования Дария Египет оставался спокоен; сохранились демотические документы, датированные ещё 35-м годом его царствования.

В Египте Дарий выступает как фараон и с именем Сетут-Ра («Потомок Ра»). Известно, что он был лично в Египте, известно также, что от его имени предпринимались храмовые постройки и в Нильской долине, и в Великом оазисе. Хаммаматские рудники деятельно эксплуатировались для храмовых построек в царствование Дария; ведали ими частью туземные (например, Хнумабра, возводивший свою генеалогию к обожествлённому Имхотепу), частью персидские архитекторы, настолько подвергшиеся влиянию египетской культуры, что они молились египетским богам, и надписи их сделаны египетскими иероглифами. На Суэцком перешейке Дарий оставил надписи, клинописная версия которых читается так: «Я повелел копать канал от реки Пирав (Нил), текущей по Египту, к морю, идущему из Персии. Он был выкопан, как я и повелел, и корабли поплыли по нему из Египта в Персию, как и была моя воля...» Надпись Дария, повествующая о великом деле проведения канала через Вади-Тумилат, поставлена в пяти экземплярах, причём три азиатских обычных текста были начертаны на одной стороне, а египетский — на другой. Здесь Дарий выступает настоящим фараоном: его изображение помещено под крылатым солнечным диском; божества двух половин Нила связывают под его именем оба Египта; здесь же, несколько приспосабливаясь к древнеегипетскому стилю, символически изображён перечень подвластных персидскому царству народов. Здесь находятся иероглифические изображения таких стран, которые никогда, ни раньше, ни позже не встречаются в египетских текстах. Половина имён не сохранилась, и мы не знаем, были ли в их числе Пунт и Куш, упоминаемые в Накширустамской надписи. Возможно, что притязание на владение Пунтом вытекает из возобновления мореплавания по Красному морю. Совершенно иначе отредактированы клинописные версии, далеко не отражающие перевод. Они прежде всего гораздо короче, начинаются с обычного исповедания царём Ахурамазды; затем Дарий с гордостью говорит: «Я перс, и из Персии подчинил Египет». Эти слова, вероятно, не формальная фраза, а намёк на имевшее место усмирение волнения, возбуждённого Ариандом.