В ходе Второй мировой войны «Адмирал Шеер» под командованием Теодора Кранке стал самым успешным рейдером Кригсмарине, предпринимая походы вплоть до Индийского океана.

Для крейсера Вторая Мировая война началась 4 сентября 1939 года, когда он был атакован в Вильгельмсхафене бомбардировщиками Королевских ВВС «Бристоль Бленхейм». В корабль попали 3 бомбы, однако серьёзных повреждений не причинили, при этом один бомбардировщик был сбит. После налета противовоздушная оборона корабля была улучшена — 88-мм зенитные орудия были заменены на 105-мм.

С 1 февраля и до конца июля 1940 года крейсер подвергается ремонту и модернизации. В частности, на него устанавливают новый радиолокатор «FuMO-26», оборудование для размагничивания, усиливают противовоздушную оборону.

В октябре 1940 года морская служба радиоперехвата (B-Dienst) получила информацию о выходе в море конвоя HX-84 из Галифакса. 23 октября «Адмирал Шеер» вышел из Готенхафена (Гдыня) и направился в Ставангер. 28 октября он прорвался в Атлантику через Датский пролив, а 5 ноября потопил свою первую жертву — британское судно «Мопан». В тот же день разведывательный самолет «Арадо-196» заметил конвой. В начале войны трансатлантические конвои охранялись эсминцами лишь в последние три дня пути. Считая, что конвой идет без охранения, Кранке решил атаковать его. Однако в охранении конвоя шел «Джервис-Бэй» — вспомогательный крейсер, переоборудованный из пассажирского судна. Несмотря на то, что вооружение британского крейсера состояло лишь из 6 устаревших орудий, он вступил в неравный бой и был потоплен. «Адмиралу Шееру» потребовалось около часа, чтобы потопить «Джервис-Бэй», что дало время остальным судам рассредоточиться. В результате «Адмиралу Шееру» удалось потопить лишь 5 судов из 37. Эта атака вызвала изменения в действиях Адмиралтейства. В США были закуплены эсминцы с достаточным запасом хода для пересечения Атлантики, кроме того, в охранение конвоев стали включаться авианосцы.

Адмиралтейство отправило несколько кораблей для поимки рейдера, но «Адмиралу Шееру» удалось ускользнуть и уйти на юг для встречи со своим заправщиком — танкером «Нордмарк». В последующие два месяца он потопил или захватил несколько кораблей. Новый 1941 год корабль встретил в южной Атлантике, в нескольких сотнях миль от архипелага Тристан-да-Кунья. В феврале 1941 года капитан Кранке предпринял рейд в Индийский океан. Ему удалось потопить ещё два судна, однако последнее из них успело подать сигнал бедствия, привлекший британские крейсера. «Адмирал Шеер» потопил ещё один сухогруз, ушёл от преследования и вернулся в Атлантику. Он направился на север, прошёл через Датский пролив и в конце концов достиг Киля 1 апреля 1941 года, пройдя 46 тыс. морских миль и потопив 16 судов противника. За этот рейд капитану корабля Теодору Кранке было присвоено звание контр-адмирала.