К июлю 1994 года полк был полностью сформирован и укомплектован. Приказом Командующего ВДВ в порядке исторической преемственности днём образования 45-го полка указано считать день образования 218-го батальона — 25 июля 1992 года.
2 декабря 1994 года полк переброшен в Чечню для участия в ликвидации незаконных вооружённых формирований. Подразделения полка принимали участие в боевых действиях до 12 февраля 1995 года, когда полк был переведён обратно на место постоянной дислокации в Московской области. С 15 марта по 13 июня 1995 года в Чечне действовал сводный отряд полка.
Нарукавные знаки полка
Официальный знак
Вариант неофициального знака
Вариант неофициального знака
30 июля 1995 года на территории дислокации полка в Сокольниках был открыт обелиск в честь воинов полка, погибших в ходе боевых действий.
9 мая 1995 года за заслуги перед Российской Федерацией полк был награждён грамотой Президента Российской Федерации, а военнослужащие полка в составе сводного батальона ВДВ принимали участие в параде на Поклонной горе, посвящённом 50-летию Победы над фашистской Германией.
С февраля по май 1997 года сводный отряд полка находился в Гудауте в составе миротворческой миссии в зоне разделения грузинских и абхазских вооружённых сил.
26 июля 1997 года полку было вручено Боевое знамя и грамота 5-го гвардейского воздушно-десантного стрелкового Мукачевского ордена Кутузова III степени полка, расформированного 27 июня 1945 года.
1 мая 1998 года полк переименован в 45-й отдельный разведывательный полк ВДВ. 901-й отдельный батальон специального назначения расформирован весной 1998 года, в 2001 году на его базе создан батальон специального назначения в составе полка (называемый по старой привычке «901-м»).
С сентября 1999 года по март 2006 года сводный разведывательный отряд полка принимал участие в контртеррористической операции на Северном Кавказе.
2 февраля 2001 года полку был вручён вымпел Министра Обороны «за мужество, воинскую доблесть и высокую боевую выучку».
8 августа 2001 года на территории полка в Кубинке в присутствии командующего ВДВ генерал-полковника Георгия Шпака был открыт новый мемориальный комплекс в память о воинах полка, погибших при исполнении боевых задач. Ежегодно, 8 января в полку проходит День памяти о погибших воинах.
В апреле-июле 2005 года было принято решение передать 45-му полку Боевое знамя, почётное звание «Гвардейский» и орден Александра Невского, принадлежавшие расформированному в том же году 119-му гвардейскому парашютно-десантному полку. Торжественная церемония передачи знаков отличия произошла 2 августа 2005 года.
В 2007 году 218-й отдельный батальон специального назначения переформирован в батальон специального назначения, утратив нумерацию и статус воинской части. С этого времени полк состоит из штаба, двух батальонов специального назначения и других подразделений.
1 февраля 2008 года полк наименован 45-й отдельный гвардейский ордена Александра Невского полк специального назначения ВДВ.
В августе 2008 года подразделения полка принимали участие в операции по принуждению Грузии к миру. Офицер полка, Герой России Анатолий Лебедь был удостоен ордена Святого Георгия IV степени.
20 июля 2009 года, в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 18 декабря 2006 года № 1422 полку вручено Георгиевское знамя.
25 июля 2009 года, в день полкового праздника, в Кубинке состоялось малое освящение престола гарнизонного храма 45-го отдельного гвардейского полка, освящённого в честь иконы Божией Матери «Благодатное небо».
В апреле 2010 года батальонная тактическая группа полка выполняла боевую задачу по обеспечению безопасности граждан России на территории Киргизской Республики.
Указом Президента Российской Федерации № 170 от 9 февраля 2011 года полк первым в новейшей истории награждён орденом Кутузова. Вручение награды состоялось 4 апреля 2011 года в расположении полка в Кубинке. Президент России Дмитрий Медведев лично прикрепил к Георгиевскому знамени полка знак и ленту ордена.
В мае-июне 2012 года разведывательный взвод полка участвовал в совместных учениях с «зелёными беретами» на американской военной базе 10-й группы сил специальных операций, находящейся в Форт Карсон.
